学校药学学科始于1965年创建的国家医药管理总局四川抗菌素工业研究所，1981年获得硕士学位授予权，现有药学学术硕士学位点，新增药学专业硕士学位点。艾瑞深中国校友会网（cuaa.net）《2019中国双一流学科建设评价报告》中，药学学科跻身中国高水平学科，入选四川省顶尖学科名单，全国学科排名35，省内排名第2。

药学学术硕士学位涵盖药物化学、微生物与生化药学、药理学、药剂学、生药学、药物分析学等6个招生专业，具体专业方向如下：

1.微生物与生化药学 四川省重点学科，主要研究方向：01药用微生物资源及其活性次级代谢产物；02微生物药物制备工艺；03生物技术药物的开发。特色与优势：以药用微生物资源及其药用价值的深度挖掘为主线，以新物种、新基因、新产物、先导物的发现为特色，中试工艺研发和快速实现微生物药物规模化生产，融合基因构建技术、酶切技术、复性及纯化技术等建立高效、规模化融合蛋白表达技术。

2.药物化学 作为本学科点发展最快的学科，主要研究方向：01新药创制、药物合成及工艺；02手性药物合成；03药物设计与活性评价。特色与优势：具有完善的新药研发与药物生产工艺研究的特色科研体系，尤其是在β-内酰胺等几类重要抗生素药物研发及工艺研究、手性药物合成等领域达到国内外领先水平。

3.药剂学 主要研究方向：01药物新剂型与新技术；02药物新制剂及其生物药剂学基础；03生物技术药物新型传递系统。特色与优势：以药物新剂型及制剂新技术为研究主线，以抗菌药和抗肿瘤药新型递药系统、靶向给药系统和新型缓控释制剂为特色，与制药企业建立了紧密的产、学、研合作关系，持续聚焦品牌仿制药、一致性评价和新型给药系统产品的研发。

4.生药学 主要研究方向：01中药与天然药物的资源开发；02中药与天然药物的物质基础；03中药与天然药物的新药开发。特色与优势：具有完善的包含现代化学、药理学、生物学、医学等多学科研究方法融合的天然药物研究体系，集中于免疫调节、心脑血管、抗肿瘤等领域，开展了大量的创新药物研究和产业化开发。同时建立了基于生物合成技术的药用植物资源研究中心，在药物植物资源开发利用方面形成了成熟的研究能力。

5.药物分析学 主要研究方向：01药物制剂与质量控制评价；02中药质量分析；03药物分析新方法和新技术。特色与优势：围绕抗生素、微生物药物、药食同源药材开展原料药及制剂的全面质量控制评价，形成天然产物多糖等活性成分分析的研究特色。在纳米电化学、纳米预富集、毛细管电泳手性拆分等多学科交叉融合的药物分析创新领域开展抗生素痕量检测和体内分析新方法研究。

6.药理学（含临床药学） 主要研究方向：01药效学和毒理学；02药物代谢动力学；03临床药理学。特色与优势：拥有专门的临床致病菌库，包括数十种、数千株临床近期收集的致病菌株以及P2抗感染实验室，独立动物实验设施完备，动物模型种类丰富。