基础医学学术硕士学位设置人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学三个二级学科专业：

1.人体解剖与组织胚胎学：人体解剖与组织胚胎学致力于以解剖学、组织学和胚胎学为基础，与其他学科如临床医学、生物化学与分子生物学、人工智能开展交叉研究。主要研究方向包括数字化与临床应用解剖学，干细胞组织工程学，外科微创手术解剖学，3D打印骨骼解剖学，骨科机器人手术临床解剖学，骨组织工程和泌尿系统功能解剖学研究，肺癌及结直肠癌发病分子机制、生物应力-分子生物学信号诱导膀胱平滑肌细胞病变分子机制等。该方向有硕导3人，其中教授2人、副教授1人，包括“国务院政府津贴”1人。

2.病原生物学：病原生物学致力于研究病原生物主要生物学特征、致病机制及免疫机制等。主要研究方向包括感染性疾病分子机制，慢性呼吸道感染病原菌耐药性及致病机制，新型小分子抗菌药物的开发及应用，抑菌生物材料的开发及应用等。该方向有硕导5人，其中教授3人、副教授2人，包括四川省卫健委学术技术后备人选1人，获四川省医学青年科技进步三等奖1人。

3.病理与病理生理学：病理与病理生理学学科贯彻基础研究密切联系临床的原则，主要研究方向包括恶性肿瘤，心血管疾病、胃肠肝胆等重大疾病发生、发展的转录与代谢调控分子机制，早期诊断与分子干预等。该方向有硕导16人，其中教授/研究员9人，副教授/副研究员6人，助理研究员1人。包括四川省学术和技术带头人2人，四川省“天府峨眉计划”专家1人，四川省杰出青年基金获得者1人，四川省学术和技术带头人后备人选4人，四川省青年科技创新研究团队带头人1人，四川省高校科研创新团队带头人2人，四川省重点学科泌尿外科学科带头人1人。硕士生导师获教育部“新世纪优秀人才”，四川省“五·一”劳动奖章等荣誉称号。