医药系具有43年的办学历史，其前身为黔西南州卫生学校，学校建校以来，共培养各类医学专业人员万余人。

医药系开设有药学、医药营销、康复治疗技术、健康管理等4个高职专业；有农村医学、药剂2个中职专业。与贵阳医学院、遵义医学院联办有成人临床医学、药学、影像、麻醉、检验等本、专科专业。

共有专业教研室五个，分别是基础医学教研室、临床医学教研室、药学教研室、康复治疗技术教研室、公共基础教研室。现有专兼职教师53人，其中正高职称1人，副高职称17人，中级职称17人，在读博士1人，硕士12人。黔西南州人民政府聘请北京中医药大学5名专家、教授为医药系客座教授。

医药系办学定位：“坚持以服务为宗旨，以就业为导向，面向基层卫生医疗机构培养人才，深化办学模式和人才培养模式改革，努力提高卫生职业教育的质量和效益”。