药学院于1989年开始招生，为重庆地区最早开设高等药学教育专业的高校，已形成“学士-硕士-博士-博士后”完整的药学专业人才培养体系。先后获批为国家级特色专业建设点（2009年）、国家级药学一流本科专业建设点（2019年）、国家级临床药学一流本科专业建设点（2020年）。学院拥有国家级大学生校外实践教育基地、省部级高等学校实验教学示范中心、省部级精品课程等教学平台5个，拥有重庆市生化与分子药理学重点实验室、重庆市高校药物工程研究中心、重庆市药效评价工程技术研究中心及药物代谢研究重庆市重点实验室等7个省部级科研平台，均面向本科生开放。

师资队伍中高级职称占73%，具有博士学位达50%以上。拥有省部级教学团队1个，教育部药学教学指导委员会委员、重庆市药学学术技术带头人、教学名师等12人。药学院专注“教天下英才，育药学菁英”，为助力学生全面发展开展了一系列本科生导航活动，包括“本科生导师制”、“优秀本科生计划”、“中国药学会科技志愿者”、“药创未来”空间、“药学院科创大赛”等。本科生在全国性专业竞赛中屡获优秀论文、创新成果、实验技能等奖项。

临床药学专业

【学制】 五年

【学位授予】 理学学士

培养掌握临床药学的基础知识、基本理论和基本技能，能够从事合理用药为核心的药学服务、药物临床研究、医院药事管理、药品推广等工作的综合型、应用型人才。

就业去向包括医院、药物临床试验机构、医药企业、药品研发机构、社区药店等。临床药学专业本科毕业生近3年平均就业率92%，升学率为55%。

药学专业

【学制】 四年

【学位授予】 理学学士

培养熟悉国家药政法规，具备一定的医学领域基础知识，具备系统的药学专业理论知识和实践技能，能够在高等学校、科研院所、研发机构、生产企业、监督管理等机构从事药学教育、科研、生产、流通、使用和监督管理等工作的药学综合型人才

就业去向包括医药企业、药品研发机构、药品监管机构、医院药房、社区药店等。药学专业毕业生近3年平均就业率为97%，升学率为49%。

药物制剂专业

【学制】 四年

【学位授予】 理学学士

培养掌握基础化学、基础医学、药学、药剂学和药物制剂等基本理论、基础知识和基本技能，具备初步从事药物制剂设计、研究与开发、生产技术改进和质量检验等方面工作能力的药物制剂专门人才。

就业去向包括制药企业、药物研发机构、药品监管机构、社区药店、医疗机构等从事药物制剂研发、生产、销售和监管等工作。近3年平均就业率为94%，升学率为30%。