基础医学院前身是广西中医药大学医疗系，1989年改名为基础部，1995年更名为医学系，2000年正式命名为基础医学院至今。学院下设行政、教学、科研、学生工作四个办公室，设有中医基础理论与经典系、中医诊断方药系、中医文史与各家学说系、人体形态学系、人体机能学系、公共卫生系共6个系，21个教研室以及2个直属实验中心（中西医基础实验教学中心、中医基础实验研究中心）。

基础医学院研究生教育始于上世纪八十年代，已培养了一批又一批栋梁之才。研究生教育发展至今已拥有中医医史文献、中医基础理论、中医诊断学、中医临床基础、方剂学、中西医结合基础、微生物与生化药学7个硕士学位授权点。拥有较好的学科与科研平台，现有个国家中医药管理局重点学科（中医各家学说）、2个广西重点学科（中西医结合基础、中医医史文献）、3个校级重点学科、校级培育学科（中医基础理论、生理学、免疫学），1个广西重点实验室（中医基础研究实验室），1个广西高校教学示范中心（中西医基础实验教学中心），2个国家中医药管理局中医药科研二级实验室（分子生物学实验室、神经行为学实验室）。

基础医学院在发展历程中涌现出国医大师班秀文、全国名老中医林沛湘、秦家泰、闵范忠等专家，目前拥有一支高水平的导师队伍，38名研究生导师中具有博士学位者25人，占65.78%，拥有全国优秀教师1名，广西高校教学名师1名，广西优秀教师1名，八桂名师1名；广西名老中医1人，广西名中医6人，全国百名杰出青年中医1人；享受国务院政府特殊津贴专家1人，广西特聘专家1人，广西优秀专家1人，自治区有突出贡献科技人员1人，广西新世纪十百千人才工程人选1人；承担多项省部级科研项目，科研经费充足。

基础医学院秉承“弘毅自强，传承创新”校训精神，坚持以人为本，积极探索研究生教学改革，加强导师队伍建设，创新人才培养模式，不断提升人才培养质量。

学院招生专业和导师姓名如下：

中医理论基础：蒋基昌 | 蒋　筱 | 施学丽 | 武　丽|

中医医史文献：戴　铭 | 林　怡 | 张　岚 | 周祖亮

方剂学：杨力强

中医诊断学：李晓红 | 张　煜 | 祝美珍

中西医结合基础：岑妍慧 | 范　蓉 | 何国珍 | 韦燕飞 | 肖　健 | 赵飞兰

微生物与生化药学：卓少元