福建医科大学第二临床医学院成立于2000年，学院自1998年及2003年分别开始培养硕士学位和博士学位研究生，至今已培养博硕士500余人，目前在院博士研究生4人、硕士研究生103人、本科及大专生200余人，是闽南地区规模较大的医学类博硕士培养单位。         

学院师资力量雄厚。现有专职教师424人，其中教授24人、副教授101人，博士研究生导师4人、硕士研究生导师64人。卫生部突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家6人、全省百千万人才6人、全省卫生系统跨世纪学术和技术学科带头人19人、福建医科大学学科带头人10人，兼任国家、省、市专业学会主任委员10人，各专业学会副主任委员（副会长）44人、常务委员（常务理事）83人、委员（理事）181人。医学院注重医疗技术创新，大力开展医学科学研究。近五年来学院曾获得省、市级科技进步奖24项，国家自然科学基、国家“十一五”科技支撑课题、省、厅级基金等项目386项，在国际权威刊物和国家一级学术刊物上发表论文484篇，SCI源期刊182篇，获得专利7项。学院共有教研室22个，分别为内科学、外科学、麻醉学、诊断学、妇产科学、儿科学、神经病学、眼科、耳鼻科学、中医学、影像学、核医学、皮肤性病学、口腔学、护理学、药学、医院管理、传染病学、精神病学、老年病学、医患沟通及康复医学。

学院的临床教学医院福建医科大学附属第二医院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是闽南地区最早的一所三级甲等综合性医院。医院历史悠久，底蕴深厚，始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”。1952年，改为晋江专区第二医院。1973年归属福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院，1993年成为福建省住院医师培训试点单位，2001年成为福建省首批住院医师规范化培训单位, 2010年成为福建省住院医师规范化培训基地单位。医院目前有国家级住院医师规范化培训基地15个，分别为内科、儿科、急诊科、神经内科、外科、外科-神经外科方向、外科-胸心外科方向、外科-泌尿外科方向、外科-整形外科方向、骨科、妇产科、耳鼻咽喉科、眼科、放射科、超声医学科，先后为医院及社会培养了263位住院医师。医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平。目前支气管封堵术、眼视光学与低视力康复、心血管疾病的胎儿起源研究等专项技术达国际先进水平，介入呼吸病学、眼视光学与低视力康复、产前超声与介入性超声、皮肤医学美容、骨质疏松性骨折预防与治疗、骨科生物力学达到国内先进水平，风湿病与自体免疫病学是福建医科大学重点培育学科。医院是国际联合低视力康复教育中心、国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站、卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、骨质疏松性骨折二级预防项目协作单位、全国综合医院中医药工作示范单位、卫生部和中国残联认定的低视力康复工程试点单位、国家级皮肤医疗美容示范基地、全国临床药师培训基地、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心，是福建医学会变态反应学分会、福建超声医学工程学会、福建省视障康复技术指导中心、福建省低视力康复指导组、福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心挂靠单位，是福建省危重症孕产妇转诊救治网络医院，泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心。2014年，在国家级呼吸内镜培训基地书面评审中，位居全国第三位。

医院高度重视与国内外的学术交流，与美国纽约大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学、荷兰自由大学等机构及学者建立了合作关系。近三年医院应邀出席国际会议并作专题发言32人次，31位国际学者来院开展学术交流，派出15位中青年骨干到美国、德国等国家研修。

“博大精深、仁心惠世”为百年老院的当代院训，学院将全面贯彻落实科学发展观，继续发挥人才优势，促进科研、教学工作快速发展。践行“救死扶伤”和“教书育人”的双使命，为人民群众的生命健康保驾护航，为海峡西岸经济区建设服务。                                        

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