福建医科大学福总临床医学院成立于2001年12月，1989年开始培养硕士研究生，2006年开始培养博士研究生。2010年学院对四七六医院、一七四医院、一七五医院三个研究生培养单位进行归并管理，导师队伍不断壮大。学院设有国家人事部博士后科研工作站，拥有7个博士后带教学科，2017年招生的博士生导师2人，硕士生导师38人。此外，医院每年还承担学校200余名本科生临床大课、临床见习、临床实习教学任务，每年接收军内外进修生200余人次。

学院的临床教学医院南京军区福州总医院（原九三医院）又称东方医院，建于1949年8月。医院由院本部、莆田九五临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。医院院本部占地面积38万平方米（570亩），医疗用房面积10多万平方米，在建新病房大楼建筑面积18.09万平方米。医院院本部开展床位2300多张，年门诊量达近184万人次、年住院量7.2万余人次，年手术量2.78万多例次。医院技术力量雄厚，拥有高级技术职称专家近250名，具有博士、硕士学位者335名，在国家、军队及省级担任学术职务490多人次，其中领军人才3人，国家级学科带头人5人次，全军级学科带头人9人次，军区级、省级学科带头人120人次。

医院拥有国内领先的医疗、教学、科研设备，设备总值已超过7亿元，主要有PET-CT、磁共振仪4台、高速CT2台、全身γ-刀、ECT、DSA、数字胃肠机（DR）、数字拍片机（CR）、头颅X-刀、检验自动化流水线系统、全层流净化手术室等。

医院院本部设有53个专业学科，拥有5个国家级重点学科：国家中医药管理局肿瘤重点学科、国家卫生部脑卒中筛查防治基地、国家临床重点专科军队建设项目（器官移植科、检验科、妇科）；3个省级重点学科：福建省临床重点专科（呼吸、病理、产科）；现有国际合作基地2个：国家科技部环境影响早期个体发育示范型国际科技合作基地、福建省肿瘤适配子应用示范型国际科技合作基地；工程技术研究中心2个：福建省干细胞应用工程技术研究中心、福建省盆底医学工程技术研究中心；10个全军级重点学科：全军临床检验医学研究所、全军器官移植研究所、全军儿科疾病诊治中心、全军妇产科中心、全军微创神经外科中心、全军计划生育优生优育研究所、全军临床药理基地、全军医院信息化研究与技术支持基地、全军卫生音像制作基地、全军器官移植临床护理示范基地；16个南京军区重点学科：军区肝胆外科研究所、普通外科研究所、呼吸内科研究所、医学影像研究所、骨科研究所、糖尿病诊疗研究所（获准组建）、肿瘤中心、药学中心、肾脏病中心、病理中心、口腔中心、比较医学中心、消化内科中心、心血管内科中心、神经外科中心和烧伤医学中心。拥有福建省和全军重点实验室各1个：全军组织修复与器官重建重点实验室、福建省移植生物学重点实验室。

器官移植是医院的主要特色，已先后开展肾脏、肝脏、肝-胰-肾、肝-肾、胰-肾、心脏、心肺、肺脏、角膜、骨髓等移植，手术的种类、数量和质量居国内领先水平，成为国内重要的大型器官移植中心之一。同时，医院在肾脏病、肝胆疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、颅脑疾病、老年病、心脑血管病、消化病、肿瘤等疾病诊治方面处于国内先进水平。医院开展的临床检验技术、血液净化技术、放射介入技术、病理诊断技术、微创技术、超声诊治技术等处于军内外、省内外先进水平。

医院科研能力较强、研究水平较高。近五年，获批国家自然科学基金33项，获批国家科技部重大支撑计划项目1项，获批“863”青年科学家专项1项，福建省科技重大专项3项，获各类课题资助5500余万元；获军队和省部级科技（医疗）成果一等奖3项、二等奖23项、三等奖42项；获得各类专利、计算机软件著作权150余项；在统计源期刊发表论文2249篇，发表SCI论文275篇，谭建明副院长的原创性临床研究论著发表在世界顶级医学杂志《JAMA》上，单篇影响因子30.026分，在《中国医疗机构科技文献统计报告（2015版）》中，医院 2005-2014年间发表的文献数量位列全省第一；主编专著21部；主办《功能与分子医学影像学》和《中华细胞与干细胞杂志》2本期刊。

医院重视科学化管理工作，1998年以来，医院建立了以信息技术开发和推广应用为主要内容的国家金卫工程"军字一号"，有67台服务器、2500多个计算机工作站联网并正常运行，使全院日常医疗、护理、教学、办公实现数字化。2007年成为全国和全军数字化医院建设试点示范单位之一。

医院重视全面建设，坚持正确的办院方针，树立"以病人为中心"的服务理念，将"团结、奋进、德高、技精"作为院训，以质量效率为基础、科技为先导，大胆改革、开拓创新，严格执行医疗护理等各项规章制度，不断完善质量管理体系，极大地促进了医疗护理服务质量的提高。