省立临床医学院成立于2001年9月，前身是成立于1995年的省立临床医学系，1984年开始培养硕士研究生，是省内最早开展医学硕士生培养的单位之一。2010年对福建省肿瘤医院、福建省级机关医院、福建省老年医院、漳州市医院、龙岩市第一医院、宁德市医院等研究生培养单位进行归并管理。经过不断改革开放和开拓创新，学院现已形成包括博士、硕士、学士等多层次人才培养体系，教学规模与师资力量不断扩大，拥有一支结构合理、素质优良、临床与科研并重的师资队伍，近年来先后承担20多个专业的临床教学任务。目前有博士培养点7个、硕士培养点24个、国家级住院医师规范化培训基地30个、省级住院医师规范化培训基地17个，是全省唯一的全国首批住院医师规范化培训示范基地。2017年招生的博士生导师8人，硕士生导师61人，目前在校研究生近260人。

学院临床教学医院福建省立医院始建于1937年，是福建省最早创办的公立医院。目前，院本部占地面积38858平方米，建筑面积15.8万平方米，编制床位2500张。全院围绕“本部做强、北院托管、新院做大、分院帮扶”的总体思路，稳妥推进医疗集团的组建进程。省老年医院（北院）采取“融入式”托管，由我院负责管理。建立了以分院形式的更紧密的支援帮扶新模式，武夷分院依托本部综合优势，管理水平全面提升，取得良好的社会经济效益。福建省立医院南院（省立金山医院）列为2011年省市重点建设项目、福州市民生工程战役项目，占地面积200多亩，规划床位2000张，一期工程建设门急诊、床位500张，2015年5月顺利开业。福建省急救中心、省心血管病研究所、省保健服务中心、省临床检验中心亦设在院内。

医院专业设置齐全，设有内、外、妇、儿等临床科室46个，药学部、检验科、放射科、超声科等医技科室13个，设有省心血管病研究所、省急诊医学研究所、省胃肠病研究所、省老年病研究所、省核医学研究所等省级医学研究所5个，省心脏介入治疗中心、省消化内镜中心、省微创外科治疗中心等省级医学中心3个，临床检验、急诊、高压氧、病理、影像医学、病案、心血管介入、护理、感染性疾病等省级专业质控中心9个。福建省紧急医疗救援中心，福州市120指挥调度中心以及全省唯一的宁养院和全国唯一设在综合性医院的赴美移民健康体检中心均设在医院。

全院现有在岗职工3700余人，其中博、硕士人才560多人。急诊医学、重症医学、心脏大血管外科、护理及中医全科等五个专科被列为国家级临床重点专科建设项目，省心血管病研究所是省科技厅的优先发展单位，消化内科、内分泌科、普外科、骨外科、泌尿外科、肿瘤外科列入省科技厅优先发展学科。专科护理、重症医学、急诊医学、心脏大血管外科、心血管内科、内分泌科、耳鼻喉科、呼吸内科、眼科等9个专科入选省级临床重点专科建设项目。糖尿病专业被列为省领先医疗特色专业。拥有省心血管病重点实验室、省老年病重点实验室两个的省级重点实验室，并获省科技厅资助建设细胞生物学研究平台。2009年获批福建省研究生教育内科学创新基地。拥有国家卫计委冠心病、心律失常、周围血管介入诊疗、脑卒中筛查与防治、四级妇科内镜手术培训、临床药师培训、腹膜透析示范、癌痛规范化治疗以及远程病理会诊等9个国家级基地或中心。医院拥有模拟医学中心，设备设施完善，可满足研究生的临床技能培训的要求。在福建医科大学2016年临床医学专业学生临床技能竞赛中，获得团体一等奖。

近10年来，中标各类课题500余项，科研经费投入4000多万元，获得科研成果奖97项（省部级二等奖14项，省部级三等奖38项）。近五年我院2次荣获中华科技奖。全院享受政府特殊津贴专家48人，20多位专家分获中央保健工作突出贡献者、卫生部突出贡献中青年专家、省运盛青年科技奖、省青年科技奖等奖项。每年开展新技术、新项目30多项，一大批新技术、新疗法达到省内领先、国内先进水平。