福建医科大学附属协和医院为创建于1860年的福州圣教医院与创建于1900年的马高爱医院合并而成，是八闽现代医学的发祥地。经过150多年的发展，现为一所集医疗、教学和科研为一体的大型三级甲等综合性医院。医院现有开放床位2500张，年门诊病人近190万人次，年收治住院病人近9.2万余人，开展各类手术8.3万余台。临床科室齐全，实力雄厚，拥有血液内科、心脏大血管外科、普通外科、烧伤外科、老年病科和临床护理6个国家临床重点专科建设项目；血液内科、消化内科、心血管内科、内分泌科、心脏大血管外科、普通外科、烧伤外科、老年医学科、小儿科和临床护理10个福建省临床重点专科建设项目；心血管内科、内分泌科、胸外科、小儿神经医学心理学等7个专业跻身省内10个首批重点专科与领先医疗特色专业。血液病学专业是我省“211”工程唯一的西医临床重点学科、教育部重点学科培育学科、福建省恶性血液病人才高地。医院拥有血液病、内分泌、肝胆外科、消化系疾病、烧伤、老年医学、临床免疫、胸心外、冠心病、神经外和超声医学11个省级研究所，以及整形研究室、耳鼻咽喉研究室 、泌尿外科研究室、临床肿瘤研究室、消化道肿瘤研究所、儿童神经心理发育研究中心、变态反应性疾病研究中心、脑血管病研究室、心脏中心、口腔牙颌面畸形防治研究室和肿瘤中心10个挂靠医院的校级研究机构。承担国家“863”、“973”、国家自然科学基金、卫生部、教育部、省教育厅、科技厅等大量科研课题，先后获得3项国家科技进步奖、国家自然科学奖，439项省、部级等科研成果奖，获得专利36项，近五年发表SCI论文1200多篇。重视国内外的学术交流，与美国、澳大利亚等国家的高校和科研院所建立密切的合作关系。科技投入及产出、质量均居全省首位，2015年跻身“全国医院综合实力百强榜”（复旦大学医院管理研究所发布）和“中国医院科技影响力百强榜”（中国医学科学院发布）。

1995年医院成立福建医科大学协和临床学系，2000年更名为福建医科大学协和临床医学院。1986年开始培养硕士研究生，1990年开始培养博士研究生，2001年起接收临床医学博士后进入福建医科大学博士后科研流动站开展研究工作。导师类别涵盖临床医学博士和硕士学位授权一级学科点、中西医结合硕士学位授权一级学科点。经过多年的深化改革和开拓进取，学院现已形成包括博士、硕士和学士等不同层次的人才培养体系，教学规模和师资队伍逐年扩大，结构更趋合理，共有43个教研室（组），专任教师804人，其中教授53人、副教授183人。科研团队实力雄厚，有国家突出贡献专家3人、卫生部突出贡献专家2人、省部级优秀专家9人、享受政府特殊津贴专家17人、入选国家级“百千万人才工程”人选2人、省厅级“百千万人才工程”人选68人，在全国性、区域性和福建省的各类优秀人才评选中，共37人因在医疗、教学、科研中取得的杰出业绩获得全国优秀科技工作者、全国优秀医师、福建省杰出科技人才、福建省领军人才、福建省优秀教师、福建省青年科技奖、运盛科技奖、王丹萍科技奖等。

2010年学院对福建省妇幼保健院、厦门市中山医院、泉州市第一医院、福建省中医药研究院、福州市第四医院、三明市第一医院和莆田学院七个研究生培养单位进行归并管理，导师队伍不断壮大，目前有博硕士研究生导师共167人，其中博士研究生导师36人。

学院承担福建医科大学临床医学、医学影像学、医学检验学、麻醉学、口腔、药学和护理学等本科专业的临床教学任务。拥有省级精品课程：《实验诊断学》，校级精品课程：《内科学》、《外科学》、《检体诊断学》、《儿科学》，以及内科学、外科学、儿科学、检体诊断学和实验诊断学教研室5个校级教学团队。设有4个实习教学基地，1个临床技能培训中心。2012年被评为福建省大学生校外实践基地。2013、2014和2015年学院代表福建医科大学先后荣获第四届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖、全国临床技能竞赛三等奖，第五届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖及两个单项奖、全国临床技能竞赛二等奖，第六届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖及五个单项奖、全国临床技能竞赛三等奖。

2009年学院内科学、外科学、神经病学和耳鼻咽喉科学专业获得福建省研究生教育创新基地资助共计88万元，主要用于研究生培养和对取得重大学术成果的研究生进行奖励。学院每年培养博硕士研究生近300人，截止2014年有4人获得省优秀博士论文一等奖，8人获得省优秀博士论文二等奖，9人获得省优秀博士论文三等奖，其中内科学血液病专业李晓帆博士获得2013年全国优秀博士论文提名。2015年，我校有3位博士和12位硕士的学位论文被评为福建省研究生优秀学位论文，其中我院有2位博士和4位硕士的学位论文获奖。近五年，学院100多人被评为优秀研究生，40多人被评为优秀研究生干部。