安徽医科大学基础医学院的前身为基础部,始建于1976年,2000年6月正式更名为基础医学院.

学院以二级学科为基本单位,下设12个教研室(病理解剖学、病理生理学、生物化学、生理学、药理学、组织胚胎学、微生物学、寄生虫学、免疫学、化学、人体解剖学、核医学)和2个教研组(神经生物学和基础医学概论);4个教学实验中心(形态、机能、病原微生物与免疫、综合实验);9个研究所(基础医学研究所、天然药物研究所、生物药物研究所、神经生物学研究所、病理与法学研究所、临床病毒研究所、人兽共患病研究所、放射医学研究所、干细胞研究所)和1个研究中心(过敏与免疫).学院现有国家级教学示范中心2个,即"基础医学虚拟仿真实验中心"和"基础医学实验示范中心";省级实验室3个,省级重点学科4个,省级实验示范中心4个,省级实验教学中心2个,省级本科教学精品课程9门,省级研究生教学精品课程2门,国家级特色专科1个(病理学科).

学院拥有一支学科、学源、学历、职称结构较为合理,勤政廉政、爱岗敬业、乐于奉献的教职工队伍.现有教职工255人,其中教师岗189人,已取得博士学位的有126人,在读博士17人.目前,学院有教授41人,副教授84人,高级实验师9人,博士生导师13人,硕士生导师93人;有全国模范教师1人,全国优秀教师1人,全国"三八红旗手"1人,江淮十大女杰1人,省"三八红旗手"1人,省十佳女教育工作者1人,省级劳动模范6人,省级优秀共产党员1人,省级教学名师6人,省级教坛新秀8人.学院现设有博士学位授权点2个,硕士学位授权点12个 ,在读博士24 人,在读硕士 225人.

近年来,学院涌现出一大批优秀人才,2人入选"教育部新世纪优秀人才支持计划";7人为省学术技术带头人;24入选省学术技术带头人后备人选;4人为省高校"十五优秀人才计划"拔尖人才;12人入选省高校学科带头人培养对象;4人获安徽省优秀青年基金,2人获安徽省杰出青年基金;4人入选安徽省高校学科(专业)拔尖人才学术资助重点项目,3人入选安徽省高校优秀中青年骨干人才国内外访学研修重点项目,5人入选安徽省高校优秀青年人才支持计划重点项目.1991年以来,先后有49人享受国务院或省政府特殊津贴.

2011-2015年,学院新增国家自然科学基金87项,其中国家自然科学基金重大研究计划(培养项目)1项;另获教育部博士点基金(博导类)1项;安徽省杰出青年基金1项;2012年获得霍英东教育基金会第十三届高等院校青年教师基金1项;2013年国家级星火计划项目1项.以第一或通讯作者发表SCI源期刊论文341篇,其中40篇论文影响因子大于5.0,2篇论文影响因子大于10.0.新增国家发明专利4项.