第二临床医学院是一个年轻、充满青春朝气的学院,同时办学历史渊源深厚。学院溯源于1926年5月创办的上海私立东南医科大学医学专业，历经上海东南医学院和安徽医学院医疗系、安徽医科大学临床医学系、第一临床学院（第一附属医院）等发展阶段，与安徽医科大学共同走过了近九十年的风雨历程。2014年8月，学校进行临床医学院体制改革，建立临床医学院与各直属附属医院的“院院合一”体制，确立第二临床医学院（第二附属医院）建制。

学院以第二附属医院为依托，实行“院院合一”体制。第二附属医院是我校适应安徽经济社会发展，为社会培养更多更好的医学专门人才而建设的一所现代化三级甲等集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的综合性教学医院。作为安徽省唯一通过国家卫生部评定的三甲医院，医院自建院以来，一直保持较快的发展速度，发展势头良好，尤其在在医院管理模式、体制机制建设上不断吸收新思路、新理念，强化决策执行力度，加强质量和安全管理，不断创新发展，为医院的稳定快速发展提供源源动力。医院荟萃大批省内外知名专家教授，医疗技术实力雄厚，医疗设备配置处于国内一流、省内领先水平。医院现有教职医护员工1535人，其中高级职称160人，博士生导师11人，获得国家自然科学基金21项，全院开设了独立临床、医技学科36个，临床教研室21个。现有1个安徽省“十二五”临床医学重点专科，3个安徽省“十二五”临床医学重点培育专科；4个安徽医科大学校级重点学科；6个院级重点学科,9个院级重点扶持学科。目前全院共承担科研课题204项，其中国家级21项，省部级183项。五年来，全院共发表论文总数1064篇，其中中华系列杂志59篇，中文核心期刊211篇，SCI论文75篇。

学院秉承学校优良的办学传统，汇聚学校第一、第二和附属省立等附属医院、临床学院最优质的教育科研资源。学院现有五年制和七年制临床医学两个专业方向，均为安医大重点品牌专业，办学经验丰富，师资力量雄厚。在校学生2100余人，高考录取分数一直位于学校各专业首位，生源质量好，学生素质高。学生日常管理由第二临床医学院学生党总支具体负责。总支2014年8月由原第一临床学院第二党总支直接转制而来。现有管理队伍12人，其中书记1人（正处级），副书记1人（副处级），副处级组织员1人，辅导员10人，全部具有硕士研究生学历，其中高级职称1人，中级职称9人，初级职称2人。学生管理队伍综合素质优秀，一直从事七年制临床专业和医学影像、麻醉专业学生管理工作，积累了丰富的本硕学生教育管理经验，业务精良，作风扎实。近年来先后6人次获得全国辅导员技能大赛二等奖、华东片区和安徽省辅导员技能大赛特等奖、一等奖，省辅导员年度人物、省大学生就业、创业课程教学比赛一等奖，拥有学校唯一一个省级弘扬核心价值观名师工作室 ——“医路同行”心理健康教育工作室。

学院总支围绕学校中心工作，坚持以“育一流医学人才”为根本，以党建和思想政治工作为龙头，以学风建设为主线，以安全稳定为重心，以医学人文融通为特色，以服务学生立志、立身、立业为出发点和落脚点，坚持“教育领先，管理从严，服务到位”，将社会主义核心价值体系教育融入医学生培养全过程，目前已毕业的六届近900名七年制毕业生中，90%以上在省内外三级甲等医院、高校和科研单位工作，34人毕业时经过严格考核，由学校和各直属附属医院公派选送至德国海德堡大学曼海姆医学院和澳大利亚塔斯马尼亚大学攻读博士学位，2014届毕业生初次就业率达到98%；五年制临床医学专业毕业生长期深受用人单位欢迎，就业形势好，就业层次高，学生培养质量得到省内外用人单位一致好评，近年来毕业生初次就业率均达到90%以上，考研录取率达到50%以上。总支先进工作事迹曾经《人民网》、《中国教育报》等多家中央新闻媒体报道。