巢湖临床医学院是安徽医科大学最年轻、最具朝气的学院之一,同时办学历史悠渊。学院溯源于1926年5月创办的上海私立东南医科大学医学专业，历经上海东南医学院和安徽医学院医疗系、安徽医科大学临床医学系、第一临床学院等发展阶段，与安徽医科大学共同走过了近九十年的风雨历程。2014年8月，学校进行临床医学院体制改革，建立临床医学院与各直属附属医院的“院院合一”体制，将原第一临床医学院中5年制临床医学本科专业（农村免费定向生）分立出来与附属巢湖医院合并，设立了巢湖临床医学院（附属巢湖医院）。

巢湖临床医学院以附属巢湖医院为依托，实行“院院合一”体制。学院以“博及医源，精勤不倦”为目标，从学科发展、人才培养、医疗服务、教学改革、科研体制创新等方面开展了一系列管理改革实践，为学院的可持续发展提供了不竭动力。学院以立德树人、造就良医为根本，高度重视教学质量、学生专业技能训练和科研能力培养。学院设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等教研室，拥有高级职称127人（其中主任医师34人）、中级职称332人，现有博士生培养点2个，硕士生培养点16个，博士生导师2名，硕士生导师22名。

附属巢湖医院前身是皖南军区陆军医院，1951年成立于原巢湖市。2006年成为卫生部三级甲等医院，2012年移交安徽医科大学管理，更名为安徽医科大学附属巢湖医院，成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等为一体的综合性医院。现开放床位1021张，年门诊人次40多万人次，出院人次4万多人次，手术台次1.1万多台次。医院先后获得“全国医药卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”、“全国巾帼文明示范岗”、“全国工会女职工先进集体”、“安徽省十佳医院”、“安徽省医德医风示范医院”和“安徽省诚信医院”、“安徽省厂务公开民主管理工作先进和示范单位”、“安徽省医疗下乡活动先进集体”、“安徽省青年文明号”、“安徽省省级园林式化单位”、“安徽省劳动竞赛先进集体”等荣誉称号。

巢湖临床医学院学生党总支设立于2014年8月，主要承担着学院本科生的日常管理和思想政治教育工作，总支有专职辅导员1人，兼职辅导员2人，班主任4人，队伍整体综合素质高，均为研究生学历，具备国家心理咨询师或就业指导师资格。总支所培养的学生以“下得去，用得上，后劲足”为其特色，注重建立健全各项管理制度，紧密围绕学校、学院改革发展中心，立足大学生群体实际，把握时代教育规律，做好学生教育、管理、服务工作，将社会主义核心价值体系教育融入医学生培养全过程。以党建、团学为载体平台，在省、校级各类竞赛、评比和活动中获得诸多荣誉和奖项。学院现设有全日制5年制临床医学本科专业（农村免费定向生），2011年招收第一届学生，至今已有5届学生，共有300多名在校生，2016级将有首届毕业生毕业。该专业是国家级卓越医生教育培养计划试点项目，将为我省基层源源不断的培养品学兼优、基础扎实、动手能力强、综合素质高的优秀基层医疗卫生人才。