生物工程系成立于1999年，主要承担生物工程本科专业的教学，以及生物工程领域的科学研究与社会服务工作。生物工程系现有专任教师15人，其中教授2人，博士生导师1人，副教授7人。全部教师均具有硕士以上学历，具有博士学位9人，欧美国家留学经历教师3人。教师分别来自山东大学、南京大学、华东理工大学、中科院、合肥工业大学等单位，教师队伍年龄、知识、学缘结构合理。目前生物工程系形成的比较稳定且具特色的研究方向有基因工程、发酵工程、生化分离工程等。目前承担有国家科技支撑计划项目，863重点项目，国家自然科学基金项目、教育部博士点基金项目、国家星火科技计划、省部基金和重大攻关项目等各类项目50余项，科研经费2000余万元；获省部级科技进步二、三等奖5项，发表高水平论文300篇，被EI、SCI、ISTP等国际权威检索机构检索论文80多篇；获国家发明专利20余项。

近年来，生物工程系在教学质量工程建设中，主持承担的省、校级教改项目10余项，获安徽省高等学校优秀成果奖一项。"微生物学"列为安徽省精品课程，"发酵工程"列为校级精品课程。主编的《微生物学》、《微生物学实验技术》均为高等学校十一五规划教材。大学生课外科技创新活动蓬勃开展，目前承担了国家级、省级和校级科技创新项目10余项，本科生发表论文30余篇。

生物工程系正在以团结协作、创新进取的精神蓬勃发展，迎接美好的未来。