合肥工业大学计算机科学与技术系的诞生和发展源自计算机科学与技术专业的发展，2000年在学校院系调整和人事制度改革中，在计算机与信息学院下成立了计算机科学与技术系。

相关专业和学科发展历程：

• 1976年创办计算机应用专业
• 1977年首次招收计算机应用本科生
• 1978年开始招收和培养研究生
• 1981年获计算机应用技术硕士学位授予权
• 1986年获计算机应用技术博士学位授予权
• 1996年获计算机软件与理论学科硕士授予权
• 1987年计算机应用专业获机械部部级重点学科
• 1998年计算机应用专业更名为计算机科学与技术专业
• 2001年计算应用技术学科获安徽省级重点学科，
• 2001年获计算机技术工程硕士授予权
• 2002年获软件工程工程硕士授予权
• 2002年创办信息安全专业并招生
• 2007年获建计算机应用技术博士后工作站
• 2008年获计算机软件与理论安徽省重点学科
• 2010年计算机科学与技术专业被批准为安徽省特色专业
• 2010年创办物联网工程专业并招生
• 2010年物联网工程专业被列为国家级特色专业
• 2011年获计算机科学与技术一级学科博士点

全系共有计算机应用技术、分布式控制、计算机软件与理论、计算机系统结构、网络与信息安全、情感计算和计算机基础教育7个研究所共同承担各专业的教学任务。现有教师85人，其中博导7名，教授14名，副教授40余名，千人计划1人，长江学者1人，黄山学者1人，一人获国家杰青B。

计算机科学与技术系在30余年的办学过程中，逐步形成了重视理论基础学习，加强应用技术研究的办学特色。近年来，本系教师已累计承担包括国家973、863和国家自然科学基金在内的省部级以上课题80项左右，各类横向项目150余项，获国家科技进步奖三等奖和二等奖各1项，省部级科技成果奖和省级优秀教学成果奖30余项。培养的学生体现了“工程基础厚，工作作风实，创业能力强”的合肥工大人才培养特色。各专业学生在国际国内各种创新竞赛，如ICPC程序设计、机器人足球、智能车控制和数学建模等比赛中，都取得了佳绩。毕业生大部分都走向了大型国有企业和高薪IT行业，从事技术开发和工程应用及工程管理等工作，并且绝大多数毕业生都受到了用人单位的好评，部分毕业生已经成为所在单位的技术、行政或管理部门的骨干或领导。

目前，计算机科学与技术系拥有计算机科学与技术、信息安全、物联网工程三个本科招生专业。

• 计算机科学与技术专业，即原计算机应用专业，1998年按照教育部颁布的《普通高等学校本科专业目录和专业介绍》要求改为计算机科学与技术专业。本专业培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学与技术包括的计算机硬件、软件与应用的基本理论、基本知识和基本技能与方法，能在科研部门、教育单位、企业、事业、技术和行政管理部门等单位从事计算机教学、科学研究和应用的计算机科学与技术学科的高级专门人才。
• 信息安全专业，是获教育部批准的较新专业，2002年开始招生。本专业培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学网络与信息安全的基本理论、基本知识和基本技能与方法，能在科研部门、教育单位、企业、事业、技术和行政管理部门等单位从事计算机网络、通信、电子政务、电子商务等领域的信息安全高级专门人才。
• 物联网工程专业，是教育部为服务国家战略性新兴产业发展而开办的新型专业，覆盖计算机、控制、通信技术（3C技术）和电子、信息安全、系统工程等多个领域。合肥工业大学是2010年全国首批获准开办物联网工程专业的三十所高校之一，该专业已被列为国家级特色专业，重点培养能够运用嵌入式智能技术、计算机和网络技术等，进行信息感知、无线传输、数据存储和处理及应用等方面知识能力的系统工程型和创新性高级工程技术人才。