运输与物流工程系是在原汽车运用工程专业教研室的基础发展而来的，主要承担交通运输本科专业(2011年招生)的教学与实践工作，负责载运工具运用工程、交通运输管理与规划专业研究生培养工作。现有专业教师16人，其中正高级职称2人，副高级职称8人，中级职称6人。兼职教授2人，国家外专千人计划专家1人，安徽省外专百人计划专家1人，国家基金委优秀青年基金项目获得者1人，教育部新世纪人才1人，霍英东教育基金会高等学校青年教师基金1人，黄山学者2人，具有博士学位13人，博士生导师2人，硕士生导师9人。教师知识背景涵盖车辆工程、交通运输规划与管理、载运工具运用工程、交通信息工程与控制、物流工程等专业，是一支能够胜任交通运输专业本科生教学与研究生培养的学术团队。

近几年来，运输与物流工程系承担各类科研项目40多项。目前正承担有国家自然科学基金项目11项、其中国家基金重点项目1项、优青项目1项、面上项目3项，教育部新世纪人才1项、教育部博士点基金4项、安徽省自然科学基金项目1项、安徽省科技攻关项目1项，以及其他各类项目40余项等。承担的年科研经费合同金额400余万元，近三年在核心期刊发表学术论文80余篇，其中高水平一区论文（Transportation Research Part B、Operation Research）若干篇，出版专著、教材2部。目前在读交通运输专业本科生近300余名，硕士研究生50多名。

运输与物流工程系承担的主要课程有：交通运输学、交通港站与枢纽、汽车运用工程学、汽车维修工程、汽车检测与诊断、交通安全学、物流工程、物流系统规划与设计、物流管理信息系统、物流技术装备、城市轨道交通规划与设计、城市轨道交通运营与管理等。