微生物学学位点依托生物工程学院生物工程一级学科建设。该学科入选浙江省重中之重学科、浙江省“一流学科建设计划”（A类）和浙江省“重点高校建设计划”第一批重点建设学科。学科建有国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物技术制药分中心等一批国家、省部级教学与科研平台。学位点以《微生物学》国家一流课程教学团队和浙江省首批重点创新团队——农业“生物三药”产业创新团队为核心，组建了一支结构合理、专业素质强的师资队伍。

现有博士生导师、硕士生导师共8人，均具有博士学位，其中国家“万人计划”科技创新领军人才1人。近年来，承担了多项国家自然科学基金和浙江省重大科技专项重点项目等重大课题项目，在Mol.Microbiol、ApplEnvironMicrobiol、AntimicrobAgentsChemother、FrontMicrobiol等国内外权威期刊发表学术论文100余篇，其中SCI收录的论文60余篇。

微生物学硕士点从1993年开始与本校相近专业联合招生，2003年批准为硕士学位授权点，2004年开始独立招生，已培养硕士毕业生160余人，其中有省级优秀毕业生、全国“挑战杯”二等奖获得者等。