生物化工学科是浙江省首批重中之重学科，1998年获工学硕士授予权，2003年获工学博士授予权。2011年以生物工程学科滚动进入浙江省重中之重学科建设。2015年入选学校“浙江省重点高校建设计划”首批8个重点建设一级学科并被遴选为浙江省“一流学科”(A类)进行建设，2022年入选浙江省“十四五”省一流学科（A类）。学科建有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室等近10个国家级和省部级科研平台。拥有一支有较高学术水平的学科队伍，高级专业技术职称教师58人，其中中国工程院院士2人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，国家优秀青年科学基金获得者、浙江省特聘专家、浙江省万人计划和浙江省杰出青年基金获得者等省级以上人才20余人。

近年来，学科承担了国家重点研发计划项目、国家973计划项目、国家863计划项目、国家自然科学基金、国家新药创制重大专项、浙江省重大科技专项及重大科技开发校企合作项目等重大课题，获得国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、浙江省科学技术一等奖、教育部科技进步一等奖、中国石油和化学工业联合会技术发明一等奖、中国专利优秀奖等多项奖励，在生物化工相关领域知名期刊发表学术论文400余篇。