浙江工业大学生物工程学科于1981年设立了浙江省第一个生物工程类本科专业。学科于2003年获博士学位授予权，2004年遴选为浙江省首批重中之重学科，2012年滚动进入省“重中之重”学科建设，2015年入选浙江省首批“一流学科（A类）”建设计划，2017年入选浙江工业大学“一流高峰学科”，2022年入选浙江省“十四五”省一流学科（A类）。历经四十余年的积淀，学科在“大平台、大项目、大成果”上取得全方位突破，在国内外生物工程学术、产业界享有较高的知名度和影响力。

学科在生物催化工程、微生物工程、生物制药工程、合成生物技术、生物资源与环境工程等研究方向形成了鲜明特色和优势，在国内外享有较高的知名度和影响力。学位点拥有手性生物制造国家地方联合工程研究中心、国家“2011计划”长三角绿色制药协同创新中心生物制药中心、国家化学原料药合成工程技术研究中心生物制药中心、生物转化与生物净化教育部工程研究中心、浙江省生物有机合成技术研究重点实验室、中国石油和化工行业药用化学品生物催化重点实验室、可再生资源利用与加工国家级实验教学示范中心等教学科研平台。

学位点拥有一支高学术水平的人才队伍，高级专业技术职称教师58人，其中中国工程院院士2人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，国家优秀青年科学基金获得者、浙江省特聘专家、浙江省万人计划和浙江省杰出青年基金获得者等省级以上人才20余人。

近年来，学科教师承担了国家重点研发计划项目、国家973计划项目、国家863计划项目、国家国际科技合作项目、国家新药创制重大专项、浙江省科技攻关重大项目等一大批重大课题，获得国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、浙江省科学技术一等奖、中国专利优秀奖等奖励多项，拥有授权国家发明专利200多项，发表学术论文400余篇，生物学与生物化学学科进入ESI排名全球前1%。