微生物学专业由浙江省重中之重学科——森林保护学科和校培育学科——微生物学科支撑建设，下设资源微生物、食药微生物、植物病原微生物、微生物分子生物学四个研究方向，一方面围绕我国农林业重大病害以及我国特色经济植物病害的致病机理及其绿色防控技术开展研究，涉及病害早期诊断与预警，病害发生与流行机制、生防菌资源开发与生态调控综合治理技术，新型微生物农药创制，农药生态毒理机制及其风险评估等多个领域。另一方面围绕我国特有的食药用菌资源，开展栽培技术、发酵技术和高附加值产品的研发。拥有一支国家级教学和科研团队，包括教授10人，研究员2人，副教授8人，博士21人，浙江省“151”人才12人，高校中青年学科带头人2人。同时拥有生物农药高效制备技术国家地方联合工程实验室（国家级）以及浙江省绿色农药2011协同创新中心（省级）等人才培养平台。近5年承担省部级及以上科研项目50余项，横向项目60余项，合计总经费约3000余万元，获国家教学成果二等奖1项，省部级科技奖项5项，发表学术论文近120篇，其中SCI收录30余篇，授权专利近40项，主编出版专著、教材近10部。

本专业注重学生理论知识的深化拓展和综合实践能力的培养，设有高级微生物学、植物学、生物化学、遗传学、分子生物学、生物信息学等多学科交叉的课程体系，以及高级微生物研究法、微生物发酵与农药创制、生物防治技术、食药用菌栽培等实用性基础技能训练，毕业学生具有一定的深造率和自主创业率，同时可就业于农、林、医药、食品、化工、环保、检验检疫等领域的国家机关以及企事业单位。