微生物学

开展鄱阳湖流域濒危或特有植物的内生菌、食药用真菌等资源的生物多样性研究及生物活性评价，并建立菌种资源库；开展真菌的天然活性化合物与酶的分离纯化，结构解析；对具有重要应用前景的生物活性物质和酶，开展代谢调控和代谢工程研究，为其产业化应用奠定基础。目前已在产石杉碱甲的蛇足石杉内生真菌分离、东乡野生稻内生真菌资源及应用、虫草素神经保护作用及黄曲霉等真菌毒素检测等获得较好的研究成果。

化学生物学

围绕具有重大药用前景的生物活性物质的结构修饰与体内传输、人工、酶促和仿生合成、重大疾病的先导化合物筛选、重大疑难疾病的药物的靶向高分子药物释放体系以及药物的药理作用过程等开展研究，在新型药用分子化合物库的建立、生物活性物质的衍生及生物信号传输、新型纳米高分子药物制剂等研发，重大疾病的诊治提供创新型药物等方面形成特色和优势，为我省生物产业国家高技术产业基地和医药企业提供技术储备和支持。

生物化学与分子生物学

围绕我省地方特色的药食两用物种资源，利用现代生物化学原理，借助现代分子细胞生物学实验技术，结合现代生物信息学分析手段，开展相应的分子机理和功能研究，为深入保护和开发我省特色的生物资源奠定理论基础。经过多年的发展和凝练，在特色食品及其食品生物化学作用机理及分子机制研究和特色植物生物大分子的活性物质的生化机理及分子机制研究方面形成了鲜明的特色。

动物生物学

围绕我省特色动物资源，采用现代分子生物学技术，解析地方特色动物基因资源其独特性的分子机理，并开展特色动物绿色高效集约化养殖与深加工关键技术的合成及其推广。本学科方向在鄱阳湖候鸟分子保护生物学研究和地方水禽基因资源挖掘与利用方面形成了一定的特色和优势。