我院历史悠久，1921年时，学校前身江西公立医学专门学校成立之初就设有生理、病理、病理解剖等基础医学课程。1931年学校更名为江西省立医学专科学校之后，教务处于1934年设基本（基础）系和临床系，下设13个学科，16门基础课程。1949年8月，江西省立医学专科学校将课程设置分为基础医学和临床医学，基础医学重点课程为解剖学、生理学、生理生化学、病理学、药理学、细菌学。1952年元旦，江西省立医学专科学校升格为江西省医学院后，学校调整教学运行机构，学习苏联的教学建制，成立了基础学系组织，共有解剖（包括组织、胚胎、生物）、病理、微生物（包括寄生虫）、生物化学（包括普通化学、物理）、生理、药理六个学系，1953年又增加了寄生虫学系。学校1953年更名为江西医学院后于1954年10月，经上级批准调整了组织机构，将基础各学系改为教研室。1958年7月，江西医学院与第八军医学校合并后不久即成立了基础部管理基础各教研室。2005年8月江西医学院与南昌大学实质性融合后，基础部更名为南昌大学基础医学院。

    历经80余年的风雨历程后，我院现已发展成为江西省内规模最大的基础医学人才培养与科学研究基地。学院现设5个系（结构与发育生物学系、病理与法医学系、病原生物学与免疫学系、生理与神经生物学系、细胞与分子生物学系）12个教研室（人体解剖学、组织胚胎学、生理学、医学遗传学与细胞生物学、生物化学与分子生物学、神经生物学、人体寄生虫学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、病理生理学、法医学）。学院现有专任教师121名，其中教授32名（二级教授7人，三级教授6人）、副教授50名，具有博士学位教师64人，学院还拥有博士生导师24名，硕士生导师43名。学院近3年承担各级科研项目111项，获批经费2302.4万元，其中国家自然科学基金项目54项，发表SCI收录论文169篇，学院教师还获江西省自然科学奖2项，江西省高等学校科技成果奖3项。

    学院现有一级学科博士点1个（基础医学）、一级学科硕士点2个（基础医学、生物学）。学院于2017年开始招收基础医学本科专业（五年制）学生，学院为每名本科学生安排了一名本科生导师进行“一对一”指导，实行精英化培养。

    学院生理学、人体解剖与组织胚胎学为江西省“十一五”重点学科，基础医学为江西省高校“十二五”重点学科，现拥有“基础医学省高校重点实验室”、“江西省自主神经功能与疾病重点实验室”、“江西省生殖生理与病理重点实验室”、“江西省肿瘤病原学和分子病理学重点实验室”5个省级重点实验室，还拥有南昌大学生物医学研究院、南昌大学基础医学研究所、南昌大学司法医学鉴定研究所等省级科研与社会服务平台。

    学院今后将紧跟学校与医学部综合改革和双一流建设步伐，全面深化改革，不断提升教学、科研与社会服务能力，以实际行动来为国家及江西省医疗卫生事业的发展做出新的贡献。