鄂尔多斯市中心医院始建于1950年。随着社会和地区经济的发展，医院经几代人的努力奋斗，现已成为鄂尔多斯市高原上一所集医疗、预防、科研、教学于一体的综合性医院。2012年经自治区批准成为内蒙古医科大学鄂尔多斯临床医学院。 

医院总占地面积27.7万平米，总建筑面积25.68万平米，固定资产总额22亿元。编制床位1200张。2015年门急诊量102.66万人次，出院患者4.71万人次，全年手术21716例。现有在岗职工1996人，副高级以上专业技术人员386人，临床医师大学本科以上100%，硕士研究生学历245名，博士研究生学历8人，博士生导师、硕士生导师36人。设置临床医技科室75个、行政职能科室24个。拥有多个国家级临床重点专科和自治区领先学科。拥有世界先进的宝石CT、64排CT、3.0T核磁共振、世界一流彩超等先进设备。

自1994年以来全院共计完成51项科研项目，其中获自治区和鄂尔多斯市科技进步奖47项，已立项正在研究的项目17项。1997年以来，共发表医学论文1066篇，其中发表国家级论文269篇，第一作者或通讯作者发表SCI 26篇，省级论文797篇，国际性交流9篇，著书11部，撰写科普丛书17部。

超声影像科为自治区领先学科，同时是美国杰斐逊超声医学研究所超声医学教育中心及中国内蒙古超声医学研究所。在心功能无创评价及超声引导介入治疗方面处于国内领先水平，超声引导心包积液穿刺抽吸治疗及二维超声心动图联合潘生丁负荷试验诊断冠心病等六项成果已经为标准方法写入教科书。

近5年来，获国家自然科学基金地区项目3项，省部级科研项目3项，内蒙古自然科学基金项目8项,内蒙古卫计委科研立项14项。

医院非常重视对重点学科的建设，紧紧围绕重点学科建设这一中心，不断加大对重点学科的投入，设立9个院内重点学科，扶持一批有发展潜力的学科，学科建设取得了累累硕果，2003年、2008年超声科被评为自治区临床领先学科，2011年重症医学科被评为国家临床重点建设专科，神经外科、骨科、神经内科、心内科相继成为鄂尔多斯市医疗卫生领先学科。儿科、普外科、泌尿外科、CT/MRI、耳鼻喉科、麻醉科、检验科、血液科、皮肤科、肿瘤内科被评为鄂尔多斯市重点专科。

医院先后获评全国“五一”劳动奖状先进集体和内蒙古自治区“双十佳”单位、 “全国职业道德建设先进集体”、 “全国卫生系统行业作风建设先进集体”、“自治区百佳医院”、“全国百姓放心示范医院”、“全国医院文化建设先进单位”、“全区文明单位标兵”等荣誉称号。