口腔医学院成立于2013年7月，其前身为成立于1956年的内蒙古医学院口腔医学教研室。

学校1986年开始招收口腔医学专业硕士研究生，2010年经国务院学位办批准为口腔医学硕士专业学位授权点。

学校口腔医学专业拥有坚实的学科基础，优质的师资队伍及完善的住院医师规范化培训基地，是内蒙古自治区的重点学科和品牌专业，以培养有时代特征、中国特色、少数民族地区特点的高素质人才为目标，努力构建西部少数民族地区一流学科、一流人才和学术水平的培养基地，获得了良好的声誉。

目前学校可供口腔医学硕士专业学位研究生实践的基地共有4所：内蒙古医科大学附属医院、内蒙古自治区人民医院、内蒙古医科大学第三附属医院（内蒙古包钢医院）及内蒙古医科大学第四附属医院（内蒙古一机医院）。

学院目前拥有口腔医学硕士专业学位研究生导师15名，其中获博士学位且博士后出站导师3名，占指导教师比例近20%，50岁以下导师10名，占66.7%。具有高级职称导师11名，副高级职称导师4名。所有导师均为在职的临床医生，具有多年临床经验，医德医风高尚，教学技能扎实。近年来多位导师荣获多项各级各类教学奖励及荣誉；学院导师团队近年来主持和完成各级各类科研项目数十项，其中国家自然科学基金2项、省部级18项，校级及其他25项。近5年导师以第一作者或通讯作者身份在各类核心期刊发表学术论文111篇，SCI收录论文5篇。近年来导师队伍获得各类科研奖励及荣誉称号14项，其中内蒙古医科大学附属医院2名导师获得内蒙古自治区草原英才称号。近年来，导师累计参加国内高水平会议或培训50余次，学院多次选派人员参加国外及境外高水平会议或培训。

2015年住院医师规范化培训制度实施后，根据国家教指委的相关要求，学院实行“四证合一”的并轨培养训练新模式，即将临床实践与住院医师规培相结合，共进行33个月的临床实践。实现早临床、多临床、反复临床，培养具备解决临床实际问题能力的人才。我院各基地均配备较完善的教学设施，如专用多媒体教室、仿真头模、实践技能培训中心等，显著加强了学生临床操作技术训练，提高了实践操作水平。同时针对口腔医学硕士专业学位研究生的临床实践考核建立了完整的考核模式与要求。