蒙医药学院，其前身是内蒙古医学院中蒙医系，成立于1958年，是全国西医院校中设置民族医学专业最早的系部之一。1980年被国家教委批准为全国首批蒙医学专业硕士学位授权点，2004年和2011年分别与北京中医药大学和天津中医药大学联合培养民族医学（蒙医学）和中药学（蒙药）专业博士研究生。2006年经上级批准，成立内蒙古医学院蒙医药学院，成为独立的二级学院。2006年，开始招收蒙药专业本科生，同年开始承担护理专业（蒙医方向）本科班专业教学任务和学生管理任务。

蒙医学科2007年被评为内蒙古自治区重点学科，2009年被评为国家中医药管理局重点学科；蒙医专业2006年被评为国家教育部全国高等学校重点建设特色专业，2007年被评为内蒙古自治区级品牌专业，2012年获批第一批高等学校“专业综合改革试点”项目；中蒙医临床模拟实验教学示范中心和蒙医学虚拟仿真实验中心分别于2013年和2014年被教育部获批为国家级实验中心；蒙药专业2009年被评为国家教育部全国高等学校重点建设特色专业，蒙药学科2012年被国家中医药管理局确定为重点学科；蒙医诊断学、蒙医疗术学、蒙医眼科学、蒙医方剂学为内蒙古自治区级精品课程；蒙医诊断学教学团队为国家教育部优秀教学团队；蒙医传统疗法教学团队为内蒙古自治区教学团队；蒙医药学创新团队为自治区“草原英才”工程高校创新团队。2014年创建的蒙医药协同创新中心，已被教育厅认定为协同创新培育中心；目前该学科已成为全国少数民族医学教育中历史最长、规模最大，专业人才最多，办学层次最高，科研学术水平在国内外居于领先地位的一个特色优势学科。

目前学院在编教职工70人，其中教师51人；教辅8人；医疗专业技术人员1人。在编教师（教辅）中具有高级职称人员27人，硕士生导师23人，博士生导师4人；教师（教辅）队伍中具有博士学位23人，硕士学位29人，在读博士学位10人；有2名教师被评为第三批国家级非物质文化遗产传统医药项目代表性传承人；2名教师获自治区杰出人才奖；1名教师被评为全国百佳女中医师；2名教师入选自治区新世纪“321”人才工程一层次，3名教师入选自治区新世纪“321”人才工程二层次，2名教师被确定为自治区医疗卫生学术带头人，3名教师享受政府特殊津贴，6名教师被评为自治区突出贡献中青年专家，1名教师被评为自治区劳动模范，2名教师被评为自治区教学名师；1名教师获自治区“五一”劳动奖章；1名教师被评为自治区优秀专业技术人员（记一等功），1名教师被评为全国优秀教师，2名教师被评为自治区优秀教师，3名教师被评为自治区教坛新秀。

五十多年来，学院在人员结构上经历了由第一届国医大师苏荣扎布教授、第二届国医大师吉格木德教授、原卫生部学部委员白清云教授、全国第一位蒙医学博士生导师罗布桑教授等为代表的老一辈专家创业，中年学者精心传承，青年学科带头人崛起等学科梯队发展历程；专业方向上经历了由传统文献整理到现代实验研究，辩证论治研究到其机理机制揭示等不同层次上的定位与领域发展过程。呈现出专业方向明确，研究领域拓展，学术水平不断提升，科研成果显著，与现代医药学、中医药学紧密结合，相互促进，共同发展的大好局面。目前设有蒙医、蒙药两个专业； 15个教研室及1所附属蒙中医院（蒙医临床研究中心）；建有自治区蒙医药博物馆、蒙药炮制实验中心、蒙医传统疗术学实验中心、蒙医药基础实验中心、蒙医临床技能实训中心，有教学医院13所。学院一直以蒙医本科教育为主并结合地区特点，积极发展研究生教育，兼顾留学生培养。已为国内外培养蒙医药专业博士研究生21名，硕士研究生289名，其中多人已成为蒙医药及相关领域的学术带头人或学术骨干。

学院全体教师始终坚持教学、科研、临床相结合，以科研促教学，以教学带科研。已编写出版多部全国蒙医药院校统编教材和适应不同层次人才使用的蒙医药学教学参考书。出版专著61部，教材62部、译著6部，发表学术论文400余篇；获得部、自治区级以上科技进步奖和图书奖18项。主持完成国家和自治区级重点科研课题30余项，科研基金已达1000余万元。