中医学院前身是内蒙古医学院中蒙医系，成立于1958年，是全国西医院校中设置中医学专业较早的系部之一。2004年9月更名为“中蒙医学院”；2006年12月中医和蒙医分为2个学院，成立了“内蒙古医学院中医学院”。 建院（系）以来，一直以中医本科教育为主，并积极发展研究生教育及成人教育，是内蒙古自治区最早培养中医药高级人才的教学基地。50多年来，已为省内外培养出中医药高级人才近4000余名，多数已成为各级医疗、科研、教学、管理岗位的学术带头人和业务骨干。

学院目前设中医基础医学、中医临床医学、针灸推拿学3个系，中医学、针灸推拿学2个本科专业；中医学专业于2011年成为硕士学位授予一级学科。

学院现设17个教研室，1个实验中心，1所附属蒙中医院，20所临床教学实习医院。

目前学院有在编教职工80名，其中专业教师66名，教辅人员8名。教师队伍中具有高级职称人员33人（教授20人，副教授13人），中级职称20人，初级职称14人，实验人员8人，兼职博导2人，硕士生导师20人；具有博士学位者6人，在读博士4人；硕士学位者38人；全国第四批名老中医传承指导教师1名，自治区名老中医5名，2名教授享受国务院特殊津贴，2名教师被授予自治区有突出贡献的中青年专家，2名被评为自治区医疗卫生学术技术带头人，2名教师遴选为321人才工程第二层次人才，1人被授予“草原英才”称号，1人被授予自治区优秀教师称号；30余名教师在各级中医药学会任职。

2008年以来，学院承担的国家级科研项目有12项，其中国家自然科学基金资助项目3项，国家自然科学基金地区科学基金项目3项，国家自然科学基金青年基金项目1项，国家级横向课题1项，“十一五”国家科技支撑计划项目子课题2项，国家中医药管理局中医药科学技术研究专项课题2项。

学院教学设备主要有流式细胞仪、高效液相色谱仪、CO2 细胞培养箱、梯度PCR、PCR自动系列化分析仪、蛋白垂直电泳系统、全自动制冰机、组织脱水机、石蜡包埋机、烤片机、切片机、自动染色机等。