药学院始建于1977年，是国家较早成立的药学高等院系之一。现设有药学、临床药学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发6个本科专业，药物制剂技术1个专科专业。其中药学专业于2009年通过了教育部首批药学专业认证。中药学专业于2007年被评为教育部特色专业建设点，药学、药剂学专业分别于2006年、2012年被评为自治区品牌专业。药学专业和临床药学专业于2014年升格为一本专业。2009年，药学院被评为自治区教育管理先进集体。分别于1981年、1990年获得药理学、药物化学硕士授权点，2011年获得药学及中药学一级学科硕士研究生授权点。2014年，教育部批准药学专业成为药学硕士专业学位授权点，同年，获批内蒙古自治区教育厅“研究生联合培养基地”建设项目。

经过多年建设，药学院形成了一支实力雄厚的教学和科研队伍。现有教学科研人员117人，其中教授28人，副教授21人；具有博士学位18人，硕士学位52人，另有在读博士5人；享受政府特殊津贴专家1人，自治区有突出贡献的中青年专家1人，自治区高等教育“111人才工程”第二层次人选1人，自治区“新世纪321人才工程”第一层次人选1人，第二层次人选2人；“草原英才”人选4人；自治区级教学名师2名、校级2名；自治区级教坛新秀1名，校级优秀主讲教师4名。自治区优秀教师1人。药学院现有兼职博士生导师1名、硕士生导师36名。现有自治区级优秀教学团队、自治区草原英才科技创新团队各1个。

学院现有14个专业教研室，4个实验教学中心，2个科研中心；其中药学基础实验教学中心为自治区级实验教学示范中心，药学实验教学中心为校级实验教学示范中心。2006年以来，药理学、药用植物与生药学、天然药物化学、药物分析、药物化学、医用有机化学6门课程被评为自治区级精品课程；中药化学、分析化学、医用基础化学、中药分析、药用植物学、中药鉴定学6门课程被评为校级精品课程。药学院所属药用植物园和药用植物数字标本馆分别被纳入国家药用植物园和药用植物数字标本馆建设体系。

学校为了继承和发扬民族遗产、弘扬民族医药事业，根据自身的地域优势和民族特色于2000年成立了内蒙古医学院药物研究所，并挂靠药学系；2004年3月，更名为内蒙古医学院蒙药研究所，下设中蒙药、药物制剂、药理毒理和药物质量标准4个研究室。2004年，内蒙古自治区科技厅批准中蒙药研究室为“内蒙古自治区中蒙药重点实验室”。

学院大型仪器测试中心现有高分辨质谱仪、核磁共振、超高效液相仪、高效液相仪、气相色谱仪、离子色谱、原子吸收和原子荧光仪、紫外和红外光谱仪等大型仪器设备三十余台，价值近2000万，是学院科研项目的重要实验基地及培养相关分析检测人才的重要部门。

近五年，学院共获科研资助2300万元。截至2014年12月，在研项目37项，累计科研经费2265万元；其中国家自然科学基金7项，国家“十一五”科技支撑计划1项，国家药典委员会项目11项，内蒙古自然科学基金重大项目2项，重点项目2项。近五年，发表期刊论文365篇，其中14篇SCI收载，会议论文14篇（其中国际会议论文2篇）；出版学术专著10余部；获授权发明专利3项。近年来，药学院获自治区高等教育教学成果一等奖1项，自治区自然科学二等奖2项，自治区青年科技奖1项。