基础医学院的前身是1956年建校时的基础医学与公共基础课程各学科教研室，1959年5月成立基础医学部，2004年12月机构调整变更为基础医学院。

基础医学院现有15个教研室，13个教学与科研实验中心， 3个面向社会服务的中心（内蒙古医科大学病理学中心、内蒙古医科大学司法鉴定中心、和内蒙古医科大学数字医学中心）。

基础医学院现有2个学科门类，拥有一级学科医学硕士学位授予点1个（基础医学），其中包含6个二级学科（病理学与病理生理学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、法医学、放射医学），二级学科理学硕士学位授予点2个（生理学和药理学）。

学院以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一支甘于奉献，既有优良传统，又有开拓创新精神的师资队伍。现有在岗教职工223人，其中教授38人，副教授35人、讲师63人；具有博士学位37名；博士研究生导师2人，硕士研究生导师40余人；35岁以下教师80％以上获得硕士或硕士以上学位；学校跨世纪学科带头人18人；自治区突出贡献中青年专家4人；享受政府特殊津贴专家2人；自治区“321人才工程”和“111人才工程”12人；学校“168人才工程”17人；担任全国性一级学会理事或专业委员会委员18人；担任自治区一级学会理事长3人、副理事长8人。

基础医学院是学校主要的教学单位，承担着全校各学科专业研究生和本、专科生的课程教学任务。近年来共编写出版教材和专著136部，获得自治区、学校教学成果奖16项。基础医学院现有自治区重点学科1个；自治区重点实验室2个；自治区工程技术研究中心1个；校级重点实验室2个；自治区优秀教学团队3个；自治区级精品课程8门；自治区实验教学示范中心2个；国家级虚拟仿真实验教学中心1个；自治区级教学名师2人；自治区级教坛新秀1人；内蒙古自治区首届优秀研究生导师2人；内蒙古科技先进个人1人。

基础医学院是学校重要的科学研究基地。近年来共主持承担和完成各类科研课题162项，其中国家自然科学基金课题19项，国家“十二五”科技支撑计划项目课题1项，教育部课题4项，自治区级科研课题88项，校级科研课题50项，横向课题3项，累计获得科研经费约1745余万。获得科技成果奖8项，发明专利4项，发表科研论文445篇，其中SCI收录论著32篇。目前以分子生物学实验中心、分子病理学实验室这两个自治区重点实验室为龙头的科研实验平台全面对校内外开放，其良好的实验环境和精良的实验设施，为开展细胞学、生物化学与分子生物学、生理学、病理学、药理学、免疫学、组织学等方面科学研究提供了完备的平台。