生物工程学院是一个特色鲜明、优势突出、以本科教育为重点、具有研究生和本科生多层次人才培养的骨干院系。学院现有现设有生物工程、酿酒工程、生物技术3个本科专业，拥有发酵工程、生物化工等2个硕士学位授权二级学科，另有生物工程、轻工技术与工程2个工程硕士专业学位授权领域。其中，发酵工程为山东省特色重点学科, 生物工程专业为国家级高等学校特色专业建设点。山东省微生物工程重点实验室和山东省食品发酵工程行业技术中心依托该院建设，设立了发酵工程“泰山学者”岗位，并为山东省特色名校工程及山东省高等学校“轻工生物基产品清洁生产与炼制”协同创新中心建设点。

经过多年的发展，学院已形成了微生物酶技术、微生物制药技术、体外诊断试剂技术、现代酿酒技术、发酵食品技术、生物基化学品等若干个稳定的研究和发展方向，为这些技术领域培养了大批技术研发和高级管理人才。学院现有在职教职工52人，其中教授8名，副教授23名，具有博士学位教师34名。近年来，共承担国家自然科学资金、“863”计划项目、国家支撑计划项目等国家和省部级科研项目70余项；获国家科技进步二等奖1项，山东省科技进步一等奖1项，其他省部级奖励16项；发表SCI、EI收录论文110余篇；出版著作17 部；授权发明专利69项。