药学院始建于1964年，鸡西煤矿卫生学校由辽宁阜新迁至鸡西与干部学校及鹤岗卫生学校重组建校，学校设教务一科和二科，教务二科中设有药剂教研组，药剂教研组即为药学院的前身。1979年成立药学专业科，下设药剂、生药、中草药化学及药物化学四个教研组。1992年开始招收成人药学专科，学制3年。1994年10月成立药学系，下设药剂学、生药、药物化学与天然药物化学和化学四个教研室，两个实验组。1995年招收第一届药学专业（专科）学生，同时还设有中专层次的药剂和中药两个专业。2000年9月，增设药物制剂专业（专科）并招收第一批学生，中专层次停止招生。2001年9月，增设中药专业（专科）并招收第一届学生。2001年9月开办医药营销专业，并招收第一届专科学生。截止2003年，药学系从小中专到大中专再到专科办学层次发生了巨大的变化，设有药学、中药学、药物制剂、医药营销四个专科层次。2004年9月，药学系随学校迁到大庆市，迁入新落成的药学楼。2005年获批第一个中药学本科专业当年招生42人。2007年医药营销专业分到人文社科系开设。2009年开始硕士招生，2009年9月药物制剂本科开始招生。2011年5月药学系升为药学院。2014年9月，新开设专业药物分析本科开始招生。

药学院现设有5个教研室，2个教学实验中心、7个科研实验室、1个药物中试实验室，并拥有天然产物研究与开发校级重点实验室、中药标本馆、智能化温室与中药种植园。学院现有在职教职工56人，其中专任教师41人，博士12人，在读博士3人，硕士37人，教授6人，副教授13人。近五年，药学院先后获批各类科研课题90余项，经费总额达到787.5万元，其中获批国家自然科学基金项目9项，并先后与北京同仁堂药业、大庆中医院等签署200余万元的合作项目。获教学科研成果50余项，其中黑龙江省医药卫生科学技术一等奖1项；主编及参编教材50余部，英文专著1部；发表SCI论文50余篇，其中影响因子大于5的14篇。申请发明专利12项，其中已授权4项。学院重视交叉合作，先后与大同区政府、军科院4所及协和药物研究所合作，砷纳米制剂治疗脑胶质瘤的研究和功能化磷脂的开发进入中试研究阶段，以这两个项目为依托我校与高新区政府签署了合作框架协议，目前项目正在稳步推进中。

学院设有中药学、药物制剂和药物分析3个本科专业。学院重视学科和专业建设，药物制剂专业在中国73所开设该专业的大学排行榜，位列第10名。学院在药剂学、药物化学、药理学和生药学4个学科招收硕士研究生，硕士研究生每年一次就业率100%。全日制在校生1400余人，在“博学、精练、能就业、会发展”的人才培养模式下，药学的学生不仅具有扎实的专业基础、过硬的专业技能，而且在连续多年科研引导教学的模式培养下，一批批具有开拓精神和创新能力的毕业生深受用人单位欢迎。毕业生近五年平均就业率达97%以上，平均考研率为37.5%。