农学院前身为农学系。创建于1959年6月，1996年6月撤系建立植物科技学院，2008年9月更名为农学院。现下设作物系、植物保护系、园艺系、园林系、农业资源与环境系、环境科学系、农业科研所、园艺研究所和水稻研究中心等教学和科研机构。拥有5个本科生教学综合实验室，1个国家级实验教学示范中心，2个国家和省级农科教合作人才培养基地，12个省部级研究中心、科研基地和重点实验室。

1959年8月开设农学本科专业，1988年后相继增设植物保护、园艺、园林、农业资源与环境、水土保持与荒漠化防治、环境科学、种子科学与工程等7个本科专业。其中农学专业为国家级特色专业、国家综合改革试点专业和省级重点专业，植物保护专业为省级重点专业。农学、植物保护、园艺和农业资源与环境专业为国家卓越农林人才教育培养计划改革试点项目实施专业。

现有寒地作物学博士后科研流动站1个。具有博士或硕士学位授予权的一级学科3个、专业学位领域2个。作物学一级学科为省级重点学科、博士和硕士学位授予权点，植物保护、农业资源与环境等2个一级学科为硕士学位授予权点，拥有农艺与种业、资源利用与植物保护等2个农业硕士专业学位领域。

全院现有专兼职教职员工128人，其中正高级职称33人、副高级职称40人，具有博士学位70人，在读博士10人，博士生导师14人，硕士生导师65人；作物学团队和植物病理学团队为省级领军人才梯队，大豆育种团队、大豆耕作团队、水稻耕作团队和植物病理学团队为黑龙江省农垦总局领军人才梯队，有10余人享受国家、省政府特殊津贴。现在校本科生2111人，全日制硕士研究生138人，非全日制硕士研究生228人，博士研究生21人，寒地作物学博士后科研流动站在站博士后18人。

建院以来，为国家培养本专科毕业生14800余人，博士和硕士研究生700余人。近20年来，学院共取得科研成果320余项，其中71项获得省部级以上科技成果奖，183项获得厅（局）级以上科技成果奖。“旱作大豆高产综合技术体系的研究与推广”、“恩地系列农作物种衣剂推广及应用”、“优质高产多抗大豆种质资源创新及新品种选育”等成果先后获黑龙江省省长特别奖。目前农学院承担的各类科研课题120多项，科研经费4500多万元。科研仪器设备总值5000多万元。2011年以来，农学院荣获了“黑龙江省科技成果推广工作先进集体”、“黑龙江省教学管理质量奖”、黑龙江省“工人先锋号”、“黑龙江省农垦总局教育工作先进集体”和“2015、2016和2017年度校就业工作先进集体”等多项荣誉称号。

学院经过多年探索实践，在“3平台+2模块”的课程体系基础上，确立了“三结合、两贯通、两强化”的卓越复合应用型人才培养模式，与国内多家大中型企业及农场建立了院企合作关系，完成了人才培养一体化建设。拥有大庆航天育种等3个科技创新基地，59个校内外实验实习基地和就业实习基地。实行“全员育人，全程服务”的就业工作体制。近年来，获批省级以上大学生创新创业训练计划项目51项，获省级以上大学生创新创业竞赛奖励21项，学院各专业毕业生的平均考研率在30%以上，就业率持续保持在93%以上。

学院设有“垦丰”、“大北农”和“农垦嘉泰”等奖助学金。