华东理工大学药学院成立于2004年9月，由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。国家食品药品监督管理局原副局长任德权任名誉院长，国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所蒋华良研究员任首任院长。
       学院下设药物科学系、制药工程系、上海市化学生物学重点实验室、上海市新药设计重点实验室、制药工程与过程化学教育部工程研究中心、GMP研究中心以及药学实验教学中心等部门，研究内容涵盖了化学药物、基因药物、农药和制药工程四个领域。
      学院依托中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，结合华东理工大学在化学工程、制药工程、生物工程等领域的传统优势，理工结合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。学院以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药。
      学院师资力量雄厚，现有专任教师99名，正高39名、副高38名；其中中国工程院院士1名、兼职院士2名、国家973首席科学家2名、长江学者4名(含长江青年学者1名)、、国家杰出青年基金获得者5名、国家“千人计划”2名、中组部万人3名、国家优秀青年基金获得者5名、“青年千人”2名、科技部中青年科技创新领军人才2名、教育部新世纪优秀人才7名、上海市优秀学科（术）带头人3名、上海市东方学者3名、上海市曙光学者7名、上海市青年科技启明星4名、上海市浦江学者17名，博士生导师48名。

学院拥有药学一级学科博士点，制药工程与技术和农药学二级学科博士点；药学、植物保护一级学科硕士点以及制药工程与技术二级学科硕士点；其中农药学为上海市重点学科，药学为上海高校一流学科（B类）。学院拥有药学及植物保护两个博士后科研流动站，设有制药工程领域工程硕士、药学专业硕士等专业学位点。

学院拥有制药工程、药物制剂、药学三个本科专业。其中制药工程专业起源于化学制药工学（1953年），是国内最早创办的同类专业；2008年1月入选教育部特色专业；2010年5月入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业；2012年入选教育部专业综合改革试点，同年获批与上海医药集团共建国家级工程实践教育中心，并首家通过制药工程专业国家工程教育专业认证。已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。       

学院累计承担着国家自然科学基金、科技部973计划、863计划、卫生部、总后勤部“重大新药创制”科技重大专项、国家重点研发计划、教育部创新引智工程、国基金重点项目、“重大新药创制”科技重大专项等国家和省部级科研项目350余项。自2011年建院以来，累计科研经费到款约2.6亿元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.、J. Med. Chem.等本领域国际顶级刊物发表研究论文50余篇，共计申请专利370余项，获授权专利190余项。已取得以国家科技进步二等奖，上海市自然科学一等奖为代表的11余项获奖成果。近三年，在成果转让方面已获得农药登记证2张，新药转让合同金额超1000万元6项，其中新药转让合同金额超过1亿元3项。

       学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院自成立以来，已与加拿大多伦多大学药学院、德国维尔茨堡大学药学与食品化学研究所、英国阿尔斯特大学药学院，英国萨里大学，新西兰奥克兰大学等建立了合作关系，与英国萨里大学，阿尔斯特大学，克兰菲尔德大学等建立了3+1学生交流项目；并与英国牛津大学，美国康奈尔大学，英国邓迪大学，英国伯明翰大学，加拿大不列颠哥伦比亚大学等建立了寒暑期短期交流项目；参与了法国化学工程师联盟FGL3+3项目；先后邀请了美国新墨西哥大学、英国贝尔法斯特女王大学、日本京都大学、韩国明知大学等校的著名学者前来上课，并合作培养学生。负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院于2006年11月获得教育部和国家外国专家局资助，建设学科创新引智基地（简称“111”计划），为国际合作和科研创新提供了平台。