“十二五”以来，学校获得省部级以上科技成果奖92项，其中，国家科技进步二等奖3项，自治区科技进步奖48项（一等奖11项，二等奖21项，三等奖16项），自治区哲学社会科学奖32项（一等奖5项，二等奖10项，三等奖9项，优秀奖8项），山东省科技进步一等奖1项，兵团科技进步三等奖1项，中华农业科技奖科学研究成果一等奖1项、三等奖2项，全国农牧渔业丰收二等奖2项，全国教育科学研究优秀成果三等奖1项，农业部软科学优秀研究成果三等奖1项。

授权专利298件，发明专利113件，实用新型180件，外观设计5件。获得植物新品种27项，获得国家标准1项、行业标准1项、地方标准62项，获得计算机软件著作权100项。

“新疆棉花大面积高产栽培技术的集成与应用”获国家科技进步二等奖。项目在高产生理生态机制、理想个体与群体塑造、水肥高效利用、害虫综合防治、农机农艺融合等方面攻克了一系列重大技术难题，理论研究与技术创新取得重大突破。以传统“矮密早”实践为基础，创建了“适矮、适密、促早”、水肥精准、增益控害、机艺融合等为要点的棉花高产栽培标准化技术体系；建立了攻关田—核心区—示范区—辐射区“四级联动”的技术集成与推广体系；在大面积示范中实现了亩产皮棉“九五”120公斤“十五”150公斤“十一五”200公斤的技术“三级跳”。技术成果的应用支撑了新疆棉花单产大幅提高，促进了种植面积和综合效益的快速增长。成果累计应用面积2.1亿亩，覆盖度87%，新增经济效益618亿元。技术在中亚多国和甘肃、内蒙古等省区得到大面积应用。

“核果类果树新品种选育及配套高效栽培技术研究与应用”获国家科技进步二等奖。项目开展了核果类果树新品种和种质创制及配套高效栽培技术研究，有效解决了育种和栽培中的技术难题，生产效益显著提高。明确了新疆伊犁野杏遗传多样性最丰富，提出了我国新疆是世界杏的起源演化中心之一，库车等三个南疆杏亚群是相对独立的自然群体，以及自交不亲和、苦仁及果面有毛等性状为原始性状且为显性的观点，鉴定确认了65份种质的S基因型，为育种亲本选择选配提供了科学依据；发明了利用远缘杂交创造核果类果树新种质的三级放大法，拓展了亲本范围，成功实现了桃与杏等核果类果树种属间多组合的远缘杂交，研究建立了核果类早熟品种胚培育种技术体系；创制了‘新世纪’杏9个核果类果树新品种及桃×杏及甜樱桃×欧李等32份远缘杂种新种质，培育并挖掘出32份优异种质，进一步丰富了核果类果树资源的遗传多样性；提出了‘新世纪’杏和‘岱红’甜樱桃等高效栽培技术体系；发明了袋控缓释肥，保证了根层养分稳定供应，缓解了营养生长与生殖生长的矛盾；提出了起垄加土施硝态氮肥技术，有效解决了核果类果树极易发生的涝害问题；形成了核果类果树设施和露地高效栽培技术体系，创造了早期丰产典型。创制的新品种及配套高效栽培技术已在新疆、山东、辽宁及甘肃等地大面积推广应用，累计推广347.8万亩，新增经济效益144.0亿元，经济、社会和生态效益显著。

“水电站输水发电系统水力优化设计与运行控制关键技术研究及应用”获自治区科技进步一等奖。项目深化与拓展了水电站输水发电系统水力设计理论，为水道优化布置与项目推广应用奠定了科学基础；提出了基于图论的输水发电系统运行稳定性分析方法，为电站调度决策提供了科学依据；制订并建立了中小型水电站水锤防护措施方案的设计准则与实施方法技术体系；针对不同类型水电站输水发电系统布置方案，明确危险工况，建立阈值判别公式，提出合理运行模式，预测模拟水机电过渡过程，规避电站运行风险；形成集水电站输水发电系统水力过渡过程理论、电站运行控制为一体的理论技术体系，搭建项目推广应用平台。项目关键技术具有国际领先水平，研究成果整体达到了国际先进水平。研究成果写入中国水利行业标准、能源行业标准，出版编著及国家“十一五”规划教材2部，发表论文97篇，其中SCI收录9篇，EI收录29篇。成果已被推广应用于阿尔塔什、阜康等27座疆内大中小型水电站及抽水蓄能电站，产生3.6亿元社会经济效益。