机电工程学院前身为1952年创建的八一农学院农机训练班，1956年成立农业机械系，2017年成立机电工程学院。现设有农业智能装备工程、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、新能源科学与工程4个专业。学院获批农业农村部农业全程机械化科研基地、棉花教育部工程研究中心、自治区重点实验室、自治区工程研究中心、自治区协同创新中心、教育厅重点实验室、工信厅创新研究院和自治区重点学科，拥有农业工程一级学科博士学位授权点，农业工程一级学科硕士学位授权点，1个工程硕士学位授权点（机械），1个农业硕士学位授权点（农业工程与信息技术）。学院师资力量雄厚，现有教授和副教授29人。具有博士学位的教师13人，博士生导师7人，硕士生导师17人，教育部青年长江学者1人，高校教学指导委员会委员1人，农业部神农英才1人，全国十佳农机教师1人，自治区教学能手1人，4人入选自治区现代农业产业技术体系专家岗位，7人入选自治区天山英才等人才计划，3个科研团队入选天山创新团队，1个科研团队入选高校科研计划项目创新团队。柔性引进外国专家1人，天池特聘教授2人，天山学者3人，“小组团”援疆团队2个。近五年获得自治区科学技术进步二等奖3项，获得自治区教学成果二等奖1项。