生物医学工程是建立在现代先端科学技术基础上的新兴交叉学科。我校生物医学工程学科侧重生物医学仪器与图像处理、生物材料与制品和交通医学工程。学科专业学位实行双导师制，由1名校内导师和1名由相关行业企事业单位工程专家型校外导师组成。

本学科专业设有数字化医疗技术实验室、生物医学传感技术实验室、生物材料实验室、生物医学图像及信号处理实验室、生物医学光子学及微系统实验室、交通医学工程实验室等。现有教授(研究员)8人、副教授(副研究员、广告高工)8人，博士学位15人，具有海外留经历的人员10人。

近年来，本学科专业教师先后承担了国家自然科学基金、科技部、教育部重点科技项目、重庆市重点科技攻关项目等多项研究课题；公开发表论文120余篇；出版专著2部、教材2部；获“重庆市科技进步奖”二等奖1项，三等奖3项。本学科专业和重庆医疗器械行业协会签订了人才培养协作协议，与相关企业，如重庆天海医疗设备、重庆华伦医疗仪器、重庆惠森驰恒医疗器械有限公司、重庆南方数控有限公司、重庆宜特医药有限公司以及市外的深圳科曼医疗器械公司、深圳东迪欣医疗器械有限公司、深圳东迪欣公司、重庆金山公司、重庆市八益交通事故司法鉴定中心等公司签订了全方位的产学研合作协议，开展产、学、研的全面合作研发和成果转化。具备完善的专业学位培养条件。

本学科专业的主要培养方向为：（1）生物医学仪器与图像处理；（2）生物医用材料；（3）生物医学信息获取及传感技术；（4）交通医学工程；（5）疾病诊断、治疗关键技术；（6）生物制品与诊断试剂。