哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院始建于1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）射击指挥仪本科专业，1961学校又设立了军用电子计算机硕士点，是我国最早创建计算机学科和专业的高等院校之一。1966年学校设立电子计算机系，1979年设立了计算机科学系。2001年经学校批准成立了计算机科学与技术学院。

经过多年发展和建设，学院在学科建设、科学研究、人才培养等方面综合水平居于全国高校前列。1981年以来先后获批计算机应用、计算机软件与理论二级学科硕士学位授予权以及计算机应用技术二级学科博士学位授予权；2003年取得计算机科学与技术一级学科硕士学位授予权；2011年取得计算机科学与技术、软件工程两个一级学科博士学位授予权。计算机应用技术、计算机软件与理论两个学科获批黑龙江省重点学科。在2012年教育部组织的一级学科评估中，学院计算机科学与技术学科排名全国33位、软件工程学科排名全国34位。在2017年第四轮学科评估中，学院计算机科学与技术在全国排名B+（24位），软件工程学科在全国排名B（34位）。

学院下设网络技术与信息安全、软件与数据科学、嵌入式与物联网三个研究所和计算机基础教学、计算机实验教学两个中心。拥有电子政务建模仿真国家工程实验室、信息内容分析技术国家工程实验室（哈尔滨分中心）、哈工程-东软国家级工程实践教育中心、舰船仿真研究中心、教育部互联网应用创新开放平台示范基地、国家保密教育培训基地、新一代网络信息保障省级工程实验室、黑龙江省国家保密局保密技术重点实验室等特色优势学科平台。与IBM、东软集团、久其软件、用友集团、中软国际等30余家IT企业在学生实习、共建实验室、联合培养等方面深入合作，建立了长期稳定的战略合作关系。