2014年5月，安徽审计职业学院商学系在原贸易经济系基础上组建成立。现开设金融管理与实务、市场营销、物流管理、电子商务、商务管理、投资与理财等6个专业，其中物流管理专业为省级特色专业。学院是金融专业国家教学资源库联合建设单位，商学系参与了金融专业核心课程的课程标准制定及15个资源中心的建设。

商学系拥有一支爱岗敬业、师德高尚、教育观念新、改革意识强、教学水平高、实践能力强、结构合理的师资队伍。现有教职工27人，其中专任教师21人。在专任教师中教授1人，副教授5人，中级职称12人，高级营销师1人，高级经济师2人，高级物流师2人，高级电子商务师2人，经济师6人，讲师9人；双师型专业教师13人；硕士24人；省级教学名师1人，省级专业带头人1人，省级教坛新秀1人。

实行双证教学，要求学生在毕业时除获得毕业证书外，还要取得计算机、英语等级证书，鼓励学生积极参加助理营销师、助理物流师、报关员、助理电子商务师、助理理财规划师、助理审计师等职业资格证书的培训与考试，为学生持证上岗、就业打好基础。商学系2014届学生的职业资格证书持证率为93%。

重视学生能力培养，建有较完善的校内实验实训室和稳定的校外实习实训基地。目前建有校内实验实训室6个，校外实习实训基地6个。积极组织学生参加校内、外技能大赛，近2年荣获了全国、省级各类大赛15个奖项，既开阔了学生的视野，又提高了学生的实际操作能力。

为了加大校企合作和工学结合的力度，拓宽办学空间，提升办学层次，提高办学水平，商学系积极与企业深度合作，以实现学院、企业及学生三方共赢。2010年～2013年，先后与顺丰速运集团有限公司安徽分公司、安徽朗凯奇建材有限公司、安徽桑乐金股份有限公司分别开设了物流管理专业 “顺丰班”、市场营销专业“安审朗凯奇特色班”、“桑乐金营销班”，学生结业后基本上被合作单位录用。