学校共有11个硕士专业学位类别，其中农业硕士有8个领域、工程硕士有8个领域。
专业学位领域目录表
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| 序号 | 专业学位类别 | 领域 | 所在学院 | 授权时间 | 学科代码 | |
| 1 | 农业硕士(MA) | 农艺与种业 | 园艺学院 | 根据农业硕士教 | 095131 | |
| 资源利用与植物保护 | 资源与环境学院 | 指委《关于农业 | 095132 | |||
| 硕士专业学位领 | ||||||
| 畜牧 | 动物科学学院 | 域设置调整的通 | 095133 | |||
| 知》（农业教指 | ||||||
| 渔业发展 | 动物科学学院 | 委【2016】3号） | 095134 | |||
| 的要求，原15个 | ||||||
| 食品加工与安全 | 食品科学学院 | 领域调整为8个领 | 095135 | |||
| 域，调整时间为 | ||||||
| 农业工程与信息技术 | 机电学院 | 2016年10月，调 | 095136 | |||
| 整后按新领域招 | ||||||
| 农业管理 | 安溪茶学院 | 生时间为2018年。 | 095137 | |||
| 农村发展 | 经济学院 | 095138 | ||||
| 2 | 工程硕士（ME） | 生物工程 | 生命科学学院 | 2004年 | 085238 | |
| 食品工程 | 食品科学学院 | 2004年 | 085231 | |||
| 农业工程 | 机电工程学院 | 2010年 | 085227 | |||
| 机械工程 | 机电工程学院 | 2010年 | 085201 | |||
| 轻工技术与工程 | 材料工程学院 | 2004年 | 085221 | |||
| 林业工程 | 材料工程学院 | 2004年 | 085228 | |||
| 交通运输工程 | 交通与土木工程学院 | 2010年 | 085222 | |||
| 建筑与土木工程 | 交通与土木工程学院 | 2014年 | 085213 | |||
| 3 | 兽医硕士（MVM） | 动科学院 | 2004年 | 095200 | ||
| 4 | 公共管理硕士 （MPA） | 公共管理学院 | 2010年 | 125200 | ||
| 5 | 工商管理硕士 （MBA） | 管理学院 | 2009年 | 125100 | ||
| 6 | 林业硕士（MF） | 林学院 | 2010年 | 095400 | ||
| 7 | 风景园林硕士(MLA) | 艺术学院、园林学院（合署） | 2010年 | 095300 | ||
| 8 | 金融硕士（MFin） | 经济学院 | 2014年 | 025100 | ||
| 9 | 会计硕士（MPAcc） | 经济学院 | 2016年 | 125300 | ||
| 10 | 法律硕士（J.M） | 文法学院 | 2016年 | 035100 | ||
| 11 | 艺术硕士（MFA） | 艺术学院、园林学院（合署） | 2018年 | 055100 |
