港航工程系设有港口机械与智能控制、集装箱运输管理、航海技术、轮机工程技术、智能机电技术等专业。其中，集装箱运输管理专业是国家级教育改革试点专业、上海市特色专业；港口机械与智能控制专业为上海市紧缺人才专业、上海市一流专业。本系建有集装箱码头业务管理实训室、船舶驾驶仿真模拟实训室、船舶轮机仿真模拟实训室、港口起重机械驾驶模拟实训室、港口起重机械维修模拟实训室等20多个实训室，实训条件齐全。本系师资队伍实力雄厚、结构合理，其中不乏副教授、博士、企业高级工程师、内河船长、轮机长等双师型教师。本系历届毕业生就业质量高，主要对口输送企业有上港集团、振华重工、上海客轮公司、久事旅游、城投水务等大型国企。