生物工程专业始建于2000年，于2007年被评为沈阳大学实践教学改革示范专业，2012年被评为辽宁省普通高校重点支持专业。

生物工程专业培养适应现代工业技术领域和社会发展需要，具有生物学、化学、工程学及生物工程专业基础知识；具有良好人文社会科学素养、社会责任感、创新意识和较强的沟通协调能力；具备发酵工艺设计和生物工程工厂设计的能力；具备生物工程领域生产管理、质量监督和项目管理能力；熟练操作生物工程仪器设备，具备食品、药品、生物检测、化验分析能力的应用型工程技术人员。