物流科学与工程研究院于2006年9月正式成立，是以科研和研究生教育为主的校二级实体部门。它将依托港航物流，以学科建设为支撑点，以科学研究与社会服务为着力点，致力于研究生教育水平的提高和科研综合实力的增强。

物流科学与工程研究院设有省部级等工程和学术研究机构：航运技术与控制工程交通行业重点实验室、上海航运物流信息工程技术研究中心、物流研究中心、电气自动化研究所、水运经济科学研究所、海洋文化研究所等。

物流科学与工程研究院现有专职教研人员60余人，其中博士学历占有率达到45%。科院现共有200余名硕博研究生，平均每年完成科研经费约2500万元（人均约40万元）。承担了国家863计划项目、国家自然科学基金、省部级重点项目、国际合作项目等科研任务。

物流科学与工程研究院设有"物流管理与工程"博士后流动站，具有博士学位授予权，可招收留学生。拥有全日制硕士点，工程硕士授权领域和专业学位授权点。学科研究方向涉及工程技术、管理科学和技术经济等领域。

物流科学与工程研究院通过科研成果的积累，获得了"国家科技进步二等奖"、上海市科技进步一等奖、"云南省技术发明一等奖"等多项重大奖项；通过科研与教学的结合，获得了"上海市级教学成果一等奖"等多项省部级教学成果奖。

实验与研究基地

交通运输部航运技术与控制工程交通行业重点实验室

上海航运物流信息工程技术研究中心

物流信息工程综合实验室

RFID与物联网实验室

ESRI物流空间信息技术实验室

SAP供应链管理实验室

物流信息系统仿真实验室

中央与地方共建物流信息工程综合实验室

物流系统优化实验室

移动物流管理实验室