上海工程技术大学航空运输学院遵循校企“协同办学、协同育人、协同创新、协同就业”的办学理念，依托航空产业、服务区域经济，凸显现代民航工程及管理应用型人才创新培养模式的特色，与上海的航空企业校企合作、资源共享、优势互补，于1993年创办了“航空运输学院”、2007年成立了上海高校中唯一培养飞行技术专业人才的“飞行学院”，成为国内培养民航飞行技术人才的院校之一，办学近30年来，构建了科学合理的民航人才培养体系，培养了“专业理论＋工程实践＋创新能力”的各类民航专业人才。

航空运输学院（飞行学院）现有飞行技术系、民航运输系、航空运营工程系、航空维修工程系、飞行仿真技术研究中心等部门；设有飞行器制造工程、交通运输（航空器械维修）、交通管理、物流管理（民航物流）、飞行技术等专业，涉及航空企业运行的各个岗位。学院教学条件完备，拥有1.8万平方米民航飞行与运营管理国家虚拟仿真实验教学中心的航空飞行大楼，拥有Cessna 172R等飞行模拟训练器的飞行模拟训练、空气动力学、航空发动机、空中交通管制、民航运行控制、飞机附件拆装、航空机务数字模拟实验室、航空客货运、物流系统仿真实验室、航空综合基础实验室等，学院与上海航空有限公司、中国商用飞机有限责任公司、中国东方航空股份有限公司、中国国际航空股份有限公司、中国南方航空股份有限公司、上海吉祥航空股份有限公司、山东航空股份有限公司、上海机场（集团）有限公司、民航华东空管局等企业建立了产学研联盟。

学院学科特色鲜明，围绕国家教育部“民航运营管理应用型人才培养模式创新实验区”、市教委重点学科“现代民航工程及管理”、市科委科技攻关项目“现代民航飞行模拟机的研发”和“六自由度平台大型运输机工程/飞行模拟器”、市经信委“上海市引进技术的吸收与创新计划——产学研重点合作重点平台建设专题‘飞行仿真模拟器及其产业化’”等重大项目，学院“大中型飞机飞行模拟系统关键技术及应用”项目成果荣获上海市科技进步一等奖，目前研制完成具有国际先进水平的B737飞行模拟机，经国家民航局鉴定达到D级（最高标准）。学院坚持以民航业的发展需要推进“现代民航工程”学科专业群的内涵建设，努力打造“品牌”效应，以“交通运输工程”学科为抓手，以工学、管理学、经济学为基础，运用计算机技术、系统规划与优化方法、故障诊断与可靠性技术、控制论等为手段，综合载运工具运用工程、交通信息工程与控制和交通运输规划与管理等二级学科交叉应用，相互联动，具有独特的民航优势和领先水平，体现与同类高校错位互补的原则，凸现学科的“内涵”与“特色”。学院先后荣获教育部“民航运营管理应用型人才培养模式创新实验区”、教育部“国家级特色专业”、 教育部“卓越工程师教育培养计划”首批试点专业、中国高校与大型企业合作办学十大典型案例、中国工博会高校展区一等奖、国家教学成果二等奖、上海市教学成果一等奖、国家级虚拟仿真实践教学中心、国家精品视频公开课等荣誉。

近年学院承担了国家自然科学基金5项、国家社会科学基金项目3项，上海市科委等省部级项目5项，完成企业委托项目数50项；累计发表论文500余篇，SCI收录论文50余篇，出版教材及著作20本，授权国家发明专利50项。获上海市科技进步一等奖2项、上海市科技进步奖（科普）二等奖1项，上海市科技进步三等奖2项。研究生荣获全国研究生数学建模竞赛二等奖、三等奖，多名研究生荣获上海市优秀毕业生及国家奖学金。

在研究生教育方面，澳大利亚墨尔本皇家理工大学、英国南威尔士大学等开展研究生学术交流活动，引导和鼓励研究生参加国际学术会议，提高研究生教育国际化水平。本学科多名研究生取得硕士学位后进入中国农业大学、西安交通大学等高校继续攻读博士学位。