随着上海国际航运中心建设和上海自贸区建设，特别是“一带一路”等国家新战略的出台，市场对航运、物流、海洋等方面的人才需求越来越大。学校现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学、计算机科学和社会科学总论3个学科进入ESI全球前1%,港航物流学科保持全球领先。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，15个国家级一流本科专业建设点，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。

拥有1个国家综合改革试点专业，为交通运输。

高峰学科——管理科学与工程（物流工程与管理）：学科体系最完备、研究基地最齐全，涵盖了物流经济、管理、信息、装备等领域，整体上处于国内领先水平。港航物流领域保持国际领先地位，全球供应链、物流装备等领域达到国际先进。

高原学科——交通运输工程：航运安全与航海保障、港航规划与管理等领域处于国内领先、国际先进水平。

高原学科——船舶与海洋工程：LNG双燃料大型船用柴油机动力系统、深海极端环境下海工材料等领域达到国际先进、国内领先水平。

15个国家级一流本科专业建设点分别为航海技术、轮机工程、交通工程、交通管理（国航）、交通运输、物流管理、法学、经济学、管理科学、机械设计制造及其自动化、物流工程、工业工程、船舶与海洋工程、会计学、安全工程专业。