牡丹江医学院药学院始建于2003年，是黑龙江省东南部地区高级药学人才培养基地。有制药工程、药学和药物制剂三个本科专业。现有在校生999人，已毕业学生1300余人。

现有在编教职工57人，其中黑龙江省卫生系统中青年专家2人；教授12人，副教授12人，讲师21人，高级实验师2人、实验师9人。现有博士8人，硕士32人。硕士研究生导师6名。

药学学科是省级重点培育学科，药学实验教学中心是省级实验教学示范中心，“黑龙江省高校药学类应用型人才培养研究团队”被评为黑龙江省教育科学研究团队；药物化学团队是牡丹江市领军人才梯队、校级教学团队。制药工程专业是校级特色专业，药学专业和制药工程专业是校级重点专业；有校级精品资源共享课程3门。

药学院设有牡丹江市北药开发实验基地、黑龙江省教育厅校企共建研发中心。建有药学实验平台，总面积2800余平方米；46个功能齐全实验室，有液相色谱仪等10万元以上大型仪器设备30余台件。仪器设备总值1000余万。目前，已与黑龙江黑宝药业股份有限公司、北京莱瑞森医药有限公司等30余家医院、企事业单位签订了实习基地协议。

近三年，主持、参与国家级科研项目、黑龙江省自然科学基金项目10项，省级教学科研项目7项。获得国家级、省级科研奖励5项；省级教学成果奖3项。发表SCI、EI论文10余篇，核心期刊论文20余篇，教研论文30余篇，主编参编专著、教材40余部。

药学院时刻以围绕学院中心工作为工作重心，以“一切为了学生、为了学生一切”的工作宗旨，以“诚实做人、踏实工作”的工作态度，认真完成各项工作任务，与时俱进，开拓创新，为培养全方位、高素质药学人才而努力。