学校设有辅修学士学位制和辅修专业制，学生在修读主修专业的同时，可修读辅修学士学位或辅修专业课程，成绩合格、取得相应学分的，可获得“辅修学士学位” （在主修专业学士学位证书中给予标注）或“哈尔滨工程大学辅修专业证书”。