高等职业技术学院是文山学院2019年5月成立的专门举办全日制专科的二级学院，2019年7月招生，在文山州职教园区办学，由文山学院统一管理，文山学院教师和园区学校有经验的教师共同承担课程教学、实践教学和学生管理工作。

高等职业技术学院现设有药品生产技术、中药学、中草药栽培与加工技术、食品检验检测技术、环境工程技术、工程测量技术、有色金属智能冶金技术等11个三年制专科专业，学生规模2071人，以云南省生源为主，兼招四川、贵州、广西、湖南等省区学生。

高等职业技术学院主动对接文山州以三七为重点的中医药产业、以绿色铝材为支撑的矿电产业、以康养旅游为特色的大健康产业、以绿色食品为代表的现代农业等四大重点产业，顺应国家重视高等职业教育的机遇和文山学院建设一流应用型大学的方向，为地方经济社会发展培养应用型、复合型、技能型人才。