安徽交通职业技术学院航海系是安徽省唯一一家具有远洋船员教育和培训资质的教学单位。航海系筹建于2005年，严格按照《海员培训、发证和值班标准国际公约（STCW公约）》和《中华人民共和国船员培训管理规则》的要求建设，并于2008年获得国家海事局颁发的船员教育和培训许可证书、质量管理体系证书。航海系拥有航海实训中心、轮机实训中心和多个校企合作实习实训基地，并拥有一支政治素质过硬、业务精湛的教师队伍。全系具有高级职称教师占69%，具有双师型教师占100%，具有海船适任证书教师占91%。主要培养具有无限航区一类三副、三管轮实际操作和管理能力、能胜任现代化船舶驾驶与管理的高级应用型人才。

航海系实行半军事化管理，严格按照船员教育和培训质量管理体系要求培养社会紧缺的高技能航海人才，毕业生供不应求、待遇优厚，有着较高的行业知名度和社会声誉。