“南京财经大学粮食经济研究院”的前身是1988年由原国内贸易部批准设立的“南京粮食经济学院粮食经济研究所，2008年更名至今。“南京财经大学粮食经济研究院”是国内高等院校中最早设立的一所以粮食流通领域为主要研究对象、以粮食经济理论与政策为主要研究内容、为国家粮食宏观调控和粮食政策科学化提供决策支持的专门研究机构。30年来，以国家粮食安全和粮食流通领域的重大问题为导向，潜心进行应用基础研究和应用对策研究，为国家粮食安全和现代粮食流通产业发展做出了积极贡献，在我国粮食行业有着广泛影响和良好声誉。2009年被遴选为江苏高校哲学社会科学重点研究基地。

学院设有贸易经济学（粮食经济）学术型硕士专业点1个。在读硕士生 27人，博士生24人。研究院拥有江苏省优势学科重点研究方向1个(粮食产业发展与粮食安全战略研究)，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个（粮食安全与战略研究中心），江苏省青蓝工程创新团队1个（粮食安全理论与政策），江苏省协同创新中心（现代粮食流通与安全协同创新中心）。

现有专职研究教师9人，全部为博士学历，其中教授4人，副教授3人，讲师2人。近五年来，粮食经济研究院承担了国家自然科学基金项目 11项，国家社会科学基金项目 1项，国家粮食行业公益性科研专项项目3项，研究经费总额达到了4000万元以上。