承德医学院生物医学工程系始建于2004年，秉承“严谨、求实、勤奋、创新”的校训，致力于医工、医理交叉研究和人才培养，依托承德医学院优质的医学和工程学资源，逐步形成“医工交叉、校企合作、产学研用一体化”的办学特色。生物医学工程学系自成立起，就以建设一流学科为目标，在学科布局、人才培养、科学研究、师资队伍建设等多个方面努力探索和实践。

生物医学工程系坚持以临床问题为导向，组织开展学术研究。2020年成立承德市医学增材技术创新中心，2021年成立河北省医工结合国际联合研究中心，学科向生物医学信息学、医学3D打印技术、分子与纳米医学三个方向聚焦。在学科内部交叉融合，结合承德市生物医药、大数据主导产业发展的需要，在学科上实现创新发展。

人才培养是大学最重要的中心任务，在“仁爱至诚、知行合一”的办学理念指导下，系部坚持面向未来培养人才，着眼于培养具有医工交叉素养的应用型人才。目前设有生物医学工程（省级一流本科专业）、医学信息工程、生物信息学三个本科专业，以及生物医学工程学术学位硕士专业。系部把“校企合作”作为重要的发展战略，与河北英曼卡科技有限公司、上海联影医疗科技股份有限公司、嘉思特医疗器材（天津）股份有限公司、南京诺唯赞生物科技有限公司等建立产学研合作基地，为人才培养、学科发展提供有力支撑。系部现有数学、计算机、医用物理学、医学信息学、医学设备学及生物医学工程学六个教研室，计算机、生物医学工程两个实验中心和一个医工交叉研究室。全系现有学生近600人，他们朝气蓬勃，积极参与各级各类体育竞赛、社团活动、挑战杯和创青春创新创业大赛。在全国大学生应用能力与信息素养大赛、机器人与人工智能大赛、数学建模大赛中，多次获得好成绩。在国家“一带一路”政策的倡议下，自2018年开始，生物医学工程系与马来西亚博特拉大学工程学院，每年开展暑期学生交流互访活动，促进学生进行国际交流。