医学信息工程学院成立于2006年6月。现有5个本科专业：医学影像技术（理学）、生物医学工程（工学）、物联网工程（工学）、生物信息学（工学）、智能医学工程（工学）；2个硕士点：医学影像技术、生物医学工程；1个省一流专业：医学影像技术；1个省级高水平本科教学立项建设团队：医工融合本科教学团队。在校全日制本科学生1023人。学院以学校办学定位为依据，以市场需求为导向，依托学校医学优势，培养“医理工交叉融合为特色的新工科应用型人才”。

截止到2021年5月，现有教职工52人，教授4人，副教授20人；专任教师41人，获得硕士以上学位36人，其中博士15人（在读2人），专任教师博士比高达36.5%。江西省高校中青年骨干教师2人，入选江西省新世纪百千万人才工程人选1人，江西省青年井冈学者1人，江西省双千计划人才2人。江西省高校青年教师教学竞赛一等奖1人、二等奖1人，首届“泰山杯”全国医学影像技术专业（本科）教师混合式比赛特等奖1人，第二届全国医学影像专业青年教师基本功竞赛本科组一等奖1人，江西省高等院校优秀多媒体教学课件比赛一等奖1人，首届赣南医学院“教学名师”2人、“教学能手”2人，获“十佳青年教师”7人次，获“韩济生院士教育教学奖”10余人次。2018年聘请了国家“千人计划”专家为客座教授和物联网工程学科带头人。

在学校的支持下，学院建设了纳米医学工程研究中心、医学大数据工程研究中心、组织工程材料与生物打印中心等3个市级工程中心项目。已建成含影像技术实验室、物联网实验室、生物信息实验室、医疗器械实验室、单片机实验室等实验教学中心，实验设备总值达600余万元。

依托先进的实验条件，现已建设校级重点建设学科5门：医用物理学、计算机科学与技术、校级重点建设学科、计算机应用技术、生物医学工程；校级重点扶持学科1门：医学影像技术。省级精品资源共享课2门、校级精品课程5门。近五年来学院先后承担了含国家自然科学基金项目6个、全国教育规划项目1个、省自然科学基金项目5个、省教育厅科技项目9个、省社会科学规划3个、省教育厅教育教学改革项目20个等各级各类课题300余项；发表学术论文500余篇（核心刊物200余篇，三大检索论文80篇），出版专著、合著60余部。获江西省自然科学奖1项。

在“立德立行、求是求新”校训精神的激励下，学院树立了“以社会需求为导向，注重基础和综合素质，强化实践与创新能力”的人才培养理念。为培养学生的学习兴趣与创新精神，学院坚持“以赛促学、以赛促教”，成立了赣南医学院电子科技协会，实行指导老师带教制，制定了培训章程。近年来，积极组织学生参加全国性比赛，与各大名校并驱争先，成绩斐然。多次在全国大学生电子设计竞赛、江西省大学生科技创新与职业技能竞赛、全国信息技术应用水平大赛、全国高等院校医学影像技术专业技能大赛、全国大学生机械创新设计大赛中荣获一、二、三等奖。学院与九州通医药集团股份有限公司、深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司、天越集团、南京普爱射线影像设备有限公等多家知名医疗器械生产企业建立了长期校企合作关系；在北京、上海、广州等地多家知名三甲医院建立了实习基地，为学生实习与就业奠定了良好基础。

近年来，学院学生获得过“国家励志奖学金”、“江西省三好学生”、“赣州市优秀大学生”、“韩济生院士教育教学奖（优秀学生奖）”、“金阳光”读书奖等多项荣誉；多名学生被学校选送美国、韩国参加交流。毕业生就业情况良好，70%在全国三甲医院和大型企业工作，多人考取了北京大学、北京航空航天大学、华中科技大学、电子科技大学和江西财经大学等知名院校研究生。