| 获奖 级别 | 获奖 年份 | 研究生 姓名 | 指导老师 | 论文题目 | 学院 |
| 全国优秀博士学位论文 | 2004年 | 钟国华 | 赵善欢院士、胡美英教授 | 《黄杜鹃花杀虫活性成分、作用机理及构效关系》 | 资源环境学院 |
| 全国优秀博士学位论文 | 2007年 | 王中华 | 刘耀光研究员 | 《水稻BT型细胞质雄性不育基因和恢复基因的克隆及其分子互相作用机理研究》 The cloning and molecular interaction of genes for BT cytoplasmic male sterility and fertility restoration in rice | 生命科学学院 |
| 全国优秀博士学位论文 | 2008年 | 张智刚 | 罗锡文教授 | 《插秧机的DGPS自动导航控制系统研究》 Automatic Guidance System Based on DGPS for Rice Transplanter | 工程学院 |
| 全国优秀博士学位论文 | 2010年 | 郑晶 | 温思美 | 中国农业增长及其效率评价——基于要素配置视角的实证研究 | 经济管理学院 |
| 全国优秀博士学位论文（提名） | 2005年 | 向卫兵 | 罗锡文教授 | 《水稻气力有序抛栽机理》 | 工程学院 |
| 全国优秀博士学位论文（提名） | 2009年 | 陈琳 | 陈杖榴教授 | 猪源大肠杆菌16SrRNA甲基化酶介导的氨基糖苷类耐药机制研究16S rRNA Methylase-Mediated Resistance to Aminoglycosides in Escherichia coli Isolated from Pig Farms | 兽医学院 |
| 全国优秀博士学位论文（提名） | 2009年 | 雷明明 | 张细权教授 | IGF1R基因的变异及其对鸡生长、屠体和肉质性状的遗传效应Polymorphisms of the IGF1R Gene and Their Genetic Effects on the Chicken Growth，Carcass，and Meat Quality Traits | 动物科学学院 |
| 全国优秀博士学位论文（提名） | 2010年 | 黄翠琴 | 朱兴全 | 猪蛔虫感染期幼虫差异表达基因的筛选及其功能研究 | 兽医学院 |
| 全国优秀博士学位论文（提名） | 2011年 | 方素琴 | 严小龙 | 植物三维根构型原位动态模拟及其应用 | 资源环境学院 |
